我国幅员辽阔，自然地理类型丰富多样，其中牧区处于西北部边疆地区，面积约占全国国土总面积的40％，从人口构成上属于少数民族聚居区。从全国角度看，牧区经济相对薄弱，教育事业发展也相对滞后。牧区高职教育是牧区教育的重要组成部分，同时也是与牧区经济社会发展联系最为紧密的教育类型。加强对牧区高职教育的研究是牧区经济发展的需要。尤其是在国家提出实施新型城镇化战略视域下，牧区高职教育已成为广大牧区实施城镇化战略的主要抓手和重要阵地，充分激发了社会对牧区高职教育的有效需求。牧区高职院校是高职教育的主要承担者，是地区唯一的综合性高职院校。这些高职院校如何充分发挥作用，服务当地经济社会发展，专业建设是最恰当的切入点，是沟通学校和经济、社会的桥梁。而专业设置是专业建设的首要环节，也是学校教学工作的逻辑起点和前提。　　本文运用文献研究法、调查研究法等研究方法，对牧区高职院校专业设置的相关问题进行了深入分析。首先对牧区高职院校、专业设置的概念进行了界定，以划出本文的研究范围，其次根据相关理论基础和政策依据，给出牧区高职教育专业设置的原则。文章通过对三所典型牧区高职院校2004-2013年的专业设置情况以及其所在地区经济发展情况的调研和纵向梳理，发现牧区高职院校专业设置基本上与地方经济发展相适应，但是第三产业专业设置与招生规模明显偏高。十年来，牧区高职院校在专业布局、专业设置流程的规范、特色专业设置方面已经取得了一些经验，但是仍然在新专业的稳定性与连续性、院校之间专业设置的统筹性、新专业的内涵与定位、特色优势专业建设方面存在问题。就教育管理部门而言，建议从专业指导目录的发布、统筹引导各院校之间专业设置、多元评价等方面做出调整与改革。对于学校而言，文章给出了牧区高职院校专业设置操作性很强的设置策略。最后从做强畜牧、农业、林业等第一产业专业、办好自身特色优势专业、积极开设传承创新民族文化的专业等方面指出了学校的努力方向。