近年来,恐怖主义犯罪呈井喷之势,我国面临着严重的恐怖威胁。如何有效地惩治和预防恐怖主义犯罪已成为亟待研究的课题。我国反恐刑事理论与立法研究已产生较丰硕的成果,但还存在很多争议及立法不足之处。因此,本文立足于前沿的学术成果,对我国反恐刑事理论与立法予以进一步思考与探讨,以适应我国反恐斗争的需要。对比分析各国立法例及学者对恐怖主义犯罪概念的界定,直面我国概念称谓杂乱无章、内容认定难的困境,并得出是由于刑法典规定不明确、 《反恐怖主义法》中恐怖主义界定存在错误、受各国反恐立法及学者的观点影响、受国际犯罪多样化影响等原因而导致我国概念的争议。通过梳理我国研究文献又得知争论的焦点在于主观上有无政治目的的必要。以昆明“3·01”案件为例,明确“圣战”及参加“圣战”都是具有政治目的的,因而我国恐怖主义犯罪必须是出于政治目的实施的,且政治目的是基于对恐怖活动组织的政治利益考虑。同时,政治目的范围从原来的分裂国家扩大为推翻中国政府、分裂国家。最终,通过对上述几个层面的分析给恐怖主义犯罪下一个明确的定义。关于我国恐怖主义犯罪侵害的法益,理论界存在诸多分歧,同时实务界对法益认识的不足导致无法区分恐怖主义犯罪与一般刑事犯罪。分散式立法模式、理论认识混乱及恐怖主义犯罪概念未明晰等原因影响理论界和实务界对该罪侵害法益的判断。认识分歧与分析原因之后提出恐怖主义犯罪侵害的法益是政治安全,其是包括公共安全、社会秩序、公民的人身权利及公私财产权利等法益的有机整体,危害公共安全是该罪侵害的主要法益及该罪侵害对象具有广泛性、一定选择性。刑法学界对危害行为的内容、危害行为是否仅限于作为形式、危害结果的特征、犯罪手段是否必须暴力、暴力手段的外延等问题有着不同的见解。本文认为危害行为不仅应当包括预备行为,同时还应当包括实行行为、帮助行为、教唆行为以及其他与恐怖主义犯罪有关的行为,并且可以不作为的形式表现。其危害结果具有严重性,不仅包括直接的危害结果也包括间接的危害结果。而且本文赞同犯罪手段存在非暴力手段,并提出暴力手段包括爆炸、放火、刀砍、斧劈、枪击、劫机或其他暴力手段。此外,通过研究大面积杀伤与四种危险方法的区别及共性问题指出两者危险程度相当。因此,得出采用大面积杀伤方式的恐怖主义犯罪行为是符合以危险方法危害公共安全罪的构成条件的。从而认定昆明“3·01”案件应以组织、领导、参加恐怖组织罪和以危险方法危害公共安全罪定性。通过回顾我国反恐刑事立法的发展历程可见反恐刑事立法体系曰渐完善,特别是《刑法修正案(九)》对健全反恐刑事立法体系有着重要的作用。但仍然存在一系列问题：一是基础性概念不清；二是实体法中总则缺少恐怖主义犯罪特殊性的体现,分则宣扬恐怖主义、极端主义、煽动实施恐怖活动罪法定刑可操作性差,缺少有关恐怖主义犯罪方面保护未成年人的规定；三是程序法中取保候审权利、羁押期限、搜查方式等方面不够完善；四是《反恐怖主义法》存在将“主张”纳入恐怖主义范畴,未明确极端主义定义,缺少举报涉恐线索奖励细则等问题。完善我国反恐刑事立法维护我国人民的根本利益,也有利于开展国际合作。具体完善建议有：针对实体法的建议,一要扩大恐怖活动组织的组织者、领导者承担罪行的范围,二要对犯罪分子是怀孕妇女或未成年人的严格适用缓刑,三要适当延长恐怖主义犯罪的追诉时效,四要加大宣扬恐怖主义、极端主义、煽动实施恐怖活动罪的量刑幅度,五要从重处罚强制未成年人穿戴宣扬恐怖主义、极端主义服饰、标志的行为；针对程序法的建议,一是对恐怖主义犯罪嫌疑人、被告人严格适用取保候审,二是适当延长对恐怖主义犯罪嫌疑人的传唤、拘传、拘留的期限,三是扩大侦查人员的搜查权,四是初查时对涉嫌恐怖主义犯罪分子可以采取强制措施和技术侦查措施；针对《反恐怖主义法》的建议,一是界定极端主义,明确恐怖主义是“行为”,二是增加规定公安机关在出入境边检时有权暂扣恐怖活动嫌疑人的护照,三是完善举报涉恐线索奖励细则,四是完善情报收集系统。