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辣椒(Capsicum frutescens L)在我国是重要的蔬菜作物,常年栽培面积超过1.33×106 hm2,在蔬菜的周年供应中起着重要的作用。烟草花叶病毒属的辣椒轻斑驳病毒(Pepper mild mottle virus,PMMoV)近年来在我国陆续出现危害报道,一些地区已上升为当地危害辣椒的优势病毒种类。而在青海及江苏省尚未有相关报道,本研究对两地的辣椒病毒病进行了调查,利用RT-PCR法对PMMoV及相关病毒进行了分子检测,同时对检出的PMMoV利用分段法对其基因组进行了克隆,明确了其基因组结构及分类地位,并对其致病类型进行了探讨。相关研究结果为后续研究PMMoV致病机理及相关防控措施的制定奠定了基础。主要研究结果如下:1、对青海和江苏地区的设施栽培的辣椒进行了病害调查,两地均发现一类表现叶片皱缩、斑驳症状的病毒病,田间发病率在5%-20%之间,个别棚室发病率超过60%。早期发病的植株会伴有明显的矮化,影响植株的结果率,对产量影响很大。有些发病植株的果实上会出现褪绿斑块,对果实的商品性状影响较大。2、对青海和江苏采集的表现皱缩斑驳症状的辣椒病样进行了分子检测,从中检出辣椒轻斑驳病毒,检出率分别为88.0%,87.5%,这是青海和江苏首次报道该病毒发生情况。3、成功克隆并获得了PMMoV青海分离物(PMMoV-Qh-10-8-5)和江苏分离物(PMMoV-Js-6-15-2)全基因序列,其基因组全长均为6 356 bp,编码4个开放阅读框,ORF1(70-3 423 nt)编码一个全长1117 aa、分子量约为126 KDa的蛋白,是参与病毒复制的126K依赖RNA的RNA复制酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp);ORF2(70-4 908 nt)编码一个全长1613 aa、分子量约为183 KDa的蛋白,是参与病毒复制的183K依赖RNA的RNA复制酶。ORF3(4909-5 682 nt)编码一个257 aa、分子量约为28 KDa的蛋白,是参与病毒运动的运动蛋白(movement protein,MP)。ORF4(5 685-6 350 nt)编码一个157 aa、分子量约为17 KDa的蛋白,是参与病毒组装的的外壳蛋白(coat protein,CP)。4、基于全基因组序列分析结果发现,PMMoV分离物可以分为3个簇,其中PMMoV-Qh-10-8-5和PMMo V-Js-6-15-2与来自日本(C-1421,J,TPo-2-19,Pa18)、西班牙(S)、巴西(BR-DF01)、印度(HP1)及中国(CN)的分离物聚类于第3簇,且与中国CN株系亲源关系较近,可能来源于同一祖先。5、PMMoV-Qh-10-8-5和PMMoV-Js-6-15-2分离物属于P1,2致病型。