手足口病（Hand,foot and mouth disease,HFMD）是一种由多种肠道病毒（Enterovirus,EV）引起的急性传染疾病,多发于五岁以下儿童。临床症状表现为手、足、口、臀等部位出疹及发热。2008年HFMD在安徽省阜阳市的大暴发引起了我国政府的密切关注,同年5月2日,HFMD被纳入《中华人民共和国传染病防治法》规定的丙类传染病。在中国,2012年前引起HFMD的主要病原为肠道病毒71型（EV-A71）和柯萨奇病毒（Coxsackievirus,CV）A组16型（CV-A16）。近年来,柯萨奇病毒A组6型（CV-A6）、柯萨奇病毒A组10型（CV-A10）等病原导致的HFMD持续增加,为HFMD的防控来更大的挑战。本研究以武汉生物制品研究所的EV-A71疫苗Ⅳ期临床研究为依托,详细而全面的研究分析EV-A71疫苗干预后的HFMD流行病学特征、病原学特征、EV-A71和HFMD主要血清型肠道病毒的遗传变异和分子进化特征,为HFMD的预防及HFMD多价疫苗的研发和临床研究提供数据支持。在本研究中,我们从湖北潜江市、湖北谷城县、江苏沛县和江苏常州市等地区共收集837份临床诊断为HFMD患儿的肛拭子样本。采用特异性荧光定量PCR方法对所有肛拭子样本做了相关肠道病毒的初步分型,然后抽取部分代表样本通过巣式PCR的方法对VP1扩增测序,对主要病原做了分子进化分析,进一步确定病原的基因亚型。最终,我们共检测出肠道病毒阳性样本795份,阳性率为94.98%。其中湖北地区共采集手足口病样本520份（谷城县259份,潜江市261份）,在实验室检测结果为肠道病毒阳性样品中,共定型487份。谷城县检出肠道病毒阳性样本242份,阳性率为93.43%,共检出6种血清型肠道病毒,其中4种主要病原的构成比分别为84.30%（CV-A6）、7.44%（CV-A10）、3.31%（CV-A5）、2.48%（CV-A16）,其它两种病原（CV-A4、CV-A8）和未能分型的肠道病毒病原合计2.48%。潜江市检出肠道病毒阳性样本248份,阳性率为95.02%,共检出4种肠道病毒,构成比分别为54.44%（CV-A6）、40.73%（CV-A16）、4.44%（CV-A5）、0.40%（CV-A8）。江苏地区共收集手足口病样本317份,其中检出肠道病毒阳性样本305份,阳性率为96.21%,共定型302份。检出7种血清型肠道病毒,其中3种主要病原的构成比分别为67.87%（CV-A6）、17.7%（CV-A16）、9.51%（CV-A10）,其它肠道病毒分别为CV-A2（1.31%）、CV-A5（1.31%）、CV-A4（0.98%）、EV-A71（0.33%）,未能分型肠道病毒占比0.98%。本研究中对所有HFMD样本分别在RD和Vero细胞上做了分离培养,共分离到22株病毒,为相关肠道病毒的研究提供了材料,对HFMD疫苗的开发具有重要意义。通过对湖北、江苏两省多地主要HFMD病原和EV-A71 VP1序列的分子进化分析,结果显示:两地流行的CV-A6均属于D3亚型,与我国近年来其他地区流行的CV-A6亚型一致。江苏地区的CV-A16流行株均属于B1a亚型,湖北潜江市的CV-A16流行株均属于B1b亚型,而湖北谷城县的CV-A16是B1a、B1b两种亚型共流行,与我国近年来CV-A16 B1a和B1b两种基因亚型共流行趋势一致。湖北、江苏两省多地流行的CV-A10均属于C基因型。江苏地区监测到的1例EV-A71属于C4亚型,与我国近年来流行的EV-A71基因亚型一致。在EV-A71疫苗的干预下,HFMD病原谱呈现为多种血清型,多种基因型的肠道病毒共流行,其中CV-A6为优势病原体,仅发现1例由EV-A71病原引起的手足口病,该患儿未接种EV-A71疫苗。