造血干细胞移植供患者抑制型KIR和其配基匹配性的研究

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目的:  建立杀伤细胞免疫球蛋白样受体(killer immunoglobulin-like receptor,KIR)2DL1、KIR2DL2/KIR2DL3、KIR3DL1基因高分辨分型技术,获取浙江汉族人群KIR2DL1、KIR2DL2/KIR2DL3、KIR3DL1的等位基因和基因型频率;研究白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)10/10位点全相合的造血干细胞移植(hematopoietic stem cell transplantation,HSCT)供受者的KIR与其配基的配合数据,为临床选择供受者提供基础数据。  方法:  1.样本来自浙江汉族献血者随机样本、中心检测配型的供患者样本,全部经知情同意。样本全血基因组DNA抽提采用商用试剂盒,按照试剂说明进行操作。  2.KIR2DL1、KIR2DL2/KIR2DL3、KIR3DL1基因的存在或缺失采用PCR-SSP方法。  3.KIR2DL1、KIR2DL2/KIR2DL3、KIR3DL1基因高分辨检测方法为PCR-SBT。依据编码序列设计引物,对条件进行优化,PCR产物纯化采用酶法,按BigDye terminator v3.1 sequencing Kit(ABI公司)试剂盒操作进行测序反应,建立相应的等位基因测序分型方法。利用ABI Seqscape2.5软件对结果进行判读,参照IPDKIR Database数据库KIR多态性位点碱基情况对样本进行分型。  4.KIR基因型频率(genetype frequency,GF)采用直接计数法计算,即检测出基因型个数/N(N=样本数);KIR基因频率(gene frequency,P)根据Hsu公式计算,P=1-(1-f);等位基因频率采用直接计数法计算,即某种等位基因个数/总的等位基因个数。  5.HLA-A、-B、-C、-DRB1和-DQB1基因分型采用商用试剂盒,按照试剂说明进行操作,包括PCR扩增、产物纯化、产物稀释和测序反应、测序产物纯化和电泳分析等流程。序列结果通过uType SBT HLA分析软件对测序结果进行分析,确定HLA等位基因的位点,并通过http://www.dorak.info/hla/link.html中的标准序列确定C1和C2组。  6.KIR基因分型方法采用PCR-SSO方法,按照试剂说明进行操作,包括PCR扩增、杂交、读数和分析等流程。通过Hla Fusion Research3.4软件对KIR结果进行分析,根据Genotype Reference List软件(http://allelefrequencies.net/),分析获取KIR基因型以及基因型编号。  结果:  1.建立了KIR2DL1、KIR2DL2/KIR2DL3、KIR3DL1基因PCR-SBT方法,特异性引物对扩增后可得到单一特异性条带,得到的扩增片段大小与预期结果相符合。双向测序反应后可得到清晰的测序序列,所有序列显示正常的测序反应峰。  2.100例样本中检测出KIR2DL1阳性样本98例,阴性样本2例;KIR2DL3阳性样本98例,阴性样本2例,98例KIR2DL3阳性样本中20例为KIR2DL2和KIR2DL3同时阳性,2例KIR2DL3阴性样本为KIR2DL2阳性;KIR3DL1阳性样本96例,阴性样本4例。在实验样本中共检测出KIR2DL1的5种基因型,3种等位基因;15种KIR2DL2/KIR2DL3基因型,2种KIR2DL2等位基因,8种KIR2DL3的等位基因;KIR3DL1的17种基因型,12种等位基因。  3.在80对HLA-A、-B、-C、-DRB1和-DQB1位点10/10位点全相合的造血干细胞移植供受者样本中,有53对(66.3%)供受者KIR-KIR错配;从供者KIR受体-受者配基模式分析发现KIR2DL1完全错配64对(80.0%),KIR2DL2/KIR2DL3完全错配5对(6.3%),KIR3DL1完全错配29对(37.2%);受者KIR受体-供者配基模式分析发现KIR2DL1完全错配64对(81.0%),KIR2DL2/KIR2DL3完全错配5对(6.3%),KIR3DL1完全错配26对(34.7%)。  结论:  1.建立了KIR2DL1、KIR2DL2/KIR2DL3和KIR3DL1基因高分辨分型方法。  2.获取了浙江汉族人群KIR2DL1、KIR2DL2/KIR2DL3和KIR3DL1等位基因频率。  3.从KIR-KIR、KIR-配基(供者-受者)模式、KIR-配基(受者-供者)模式分析了80对HLA-A、-B、-C、-DRB1和-DQB1位点10/10全相合的供受者样本匹配性情况。
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