世界金融危机后,各国政府更加重视对技术创新的投入,战略性新兴产业开始备受追捧。在大力提倡技术创新的经济发展形势下,创新效率成为衡量企业竞争力的重要指标。现代企业为了提高创新效率,必须建立行之有效的创新机制。而这种机制的建立有赖于公司股权结构的安排。股东能够为企业提供必要的创新资源,而股权结构又能够影响股东对创新的态度。然而国内外学术界直接研究股权结构与创新效率关系的文章并不多见,以战略性新兴产业上市公司为样本进行研究的更是少见。文章通过理论和实证研究战略性新兴产业上市公司股权结构对创新效率的影响,对如何优化企业股权结构、提升企业创新效率提出了政策建议。本文以两权分离理论、委托代理理论和信息不对称理论作为研究基础,提出研究假设,选取251家战略性新兴产业上市公司2013—2015年的面板数据作为研究样本,采用SFA法对其创新效率进行测算分析,再将测算出来的效率值作为被解释变量,建立Tobit面板模型来分析股权结构对创新效率的影响。通过实证研究得到如下结论:(1)战略性新兴产业上市公司股权集中度与创新效率呈倒U型关系;(2)战略性新兴产业上市公司股权制衡度与创新效率呈正相关关系;(3)战略性新兴产业上市公司机构投资者持股比例与创新效率呈正相关关系;(4)战略性新兴产业上市公司管理层持股比例与创新效率呈正相关关系;(5)战略性新兴产业上市公司国有股比例与创新效率呈负相关关系;(6)战略性新兴产业上市公司股权流通性与创新效率呈负相关关系。