蒙古黄芪（Astragalus membranaceus（Fisch.）Bge.var.mongholicus（Bge.）Hsiao）为豆科（Leguminosae）多年生草本植物,多以干燥根入药,对机体免疫和抗肿瘤有显著的药理作用。类黄酮又叫黄酮类化合物,是蒙古黄芪的主要药效成分之一,在调节免疫力、抗氧化、抗衰老等方面有显著功效。然而,目前对蒙古黄芪类黄酮物质生物合成规律及其分子调控机制研究较少,尤其是生物合成关键基因的表达与黄酮累积关系方面的研究罕见报道。本研究利用紫外分光光度法探讨了蒙古黄芪不同时期不同器官中总黄酮的含量变化。基于Illumina-Hi Seq平台,对2年生蒙古黄芪5个不同发育阶段（营养生长期A、花期B、果期C、果熟期D与落叶期E）的幼根进行了转录组序列测定。在完成组装和注释后,分析了蒙古黄芪的重要代谢途径。对测得的数据进行统计注释分析,得到的主要结果如下:1.通过测定分析蒙古黄芪中总黄酮含量,发现不同生长时期（营养生长期、花期、果期、果熟期、落叶前期、落叶期、休眠期）的不同器官（根、茎、嫩叶、成熟叶、老叶、花、果）中均分布有黄酮。不仅同一器官的不同发育阶段含量不同,而且不同器官内的含量也具有显著差异;蒙古黄芪地上部分茎叶花果中总黄酮含量明显高于地下根部。2.原始数据经过筛选和装配,最终得到平均长度为644.89 bp的158,123个转录本序列（Unigenes）,其中最长的片段为15,637 bp,N50为996 bp。利用blast程序将Unigene序列比对到核酸、蛋白质序列数据中进行注释,其中有8,362个可以被Nr、Swiss-Prot、egg NOG、GO、KEGG等公共数据库共同注释。以|log2（fold change）|≥1,显著性Pvalue<0.05为标准,在4个相邻时期比较组合中（A vs B、B vs C、C vs D、D vs E）筛选了差异表达的基因和转录因子。对差异表达基因进行GO及KEGG富集分析发现,每组中差异基因均为注释到代谢过程的最多,且均包含数个类黄酮合成相关的次级代谢物生物合成途径。3.在注释到的差异基因中筛选了参与类黄酮生物合成的基因。其中共有86条Unigenes参与了异黄酮类（12条）、黄酮类（5条）和苯丙烷类（69条）的生物合成。进一步对这些差异基因的表达模式进行分析,发现黄酮生物合成途径中的关键酶PAL、4CL、CCR、CHS、DFR等的表达模式与总黄酮的积累趋势一致。随机选择转录组数据中与类黄酮生物合成相关的基因进行了qRT-PCR验证,结果显示qRT-PCR结果与转录组数据一致。以上研究获得了不同时期蒙古黄芪根的转录组数据,综合其黄酮含量变化规律,探讨了黄酮生物合成途径中关键酶基因的表达模式与黄酮累积规律之间的关系。为进一步利用分子手段调控药用植物中次生代谢物的含量,进而提升药材产量和品质奠定了理论基础。