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大曲作为白酒酿造中微生物的重要来源，其质量直接影响到白酒的酒质和出酒率。为进一步了解大曲微生物群落组成与白酒香型间的关系，本试验以汾酒清香型大曲（清茬曲、后火曲、红心曲）、泸州老窖浓香型大曲及郎酒酱香型大曲共5个大曲样品为试验研究对象，采用克隆文库技术与PCR-RFLP技术相结合的手段，对不同香型大曲微生物群落组成进行比较研究，得到以下结果：（1）不同香型大曲细菌群落组成：①清香型三种大曲细菌均分布于芽孢杆菌纲、放线菌纲及变形菌纲；其中清茬曲的优势细菌群为乳杆菌属和葡萄球菌属（占全部克隆子的比例分别为37.78%，22.22%）；后火曲的优势细菌群为乳杆菌属、葡萄球菌属、芽孢杆菌属、魏斯氏菌属（占全部克隆子的比例分别为35%，16.67%%，16.67%，13.33%）；红心曲的优势细菌群为乳杆菌属、芽孢杆菌属、高温放线菌属（占全部克隆子的比例分别为26.67%，28.89%，17.78%）。②浓香型大曲主要分布于芽孢杆菌纲、放线菌纲及梭菌纲，其优势细菌群为魏斯氏菌属、高温放线菌属和乳杆菌属（占全部克隆子的比例分别为30.35%，28.57%，19.65%）。③酱香型大曲主要分布于芽孢杆菌纲，其优势细菌群为枝芽孢杆菌属和高温放线菌属（占全部克隆子的比例分别为44.83%，43.1%）。（2）不同香型大曲真菌群落组成：①清香型三种大曲真菌均分布于酵母目和毛霉菌目。清茬曲的优势真菌群为毕赤酵母属和根霉属（占全部克隆子的比例分别是66.7%和30%）；后火曲的优势真菌群为毕赤酵母属（占全部克隆子的比例是80.24%）；红心曲的优势真菌群为根霉属和横梗霉属（占全部克隆子的比例分别是38.89%和33.3%）；②浓香型大曲内真菌分布于散囊菌目、毛霉菌目和酵母目，其优势菌群为曲霉菌属和复膜孢酵母属（占全部克隆子的比例分别为36.9%，25%）；③酱香型大曲内真菌也分布于散囊菌目、毛霉菌目和酵母目，其优势菌群为曲霉属和嗜热真菌属（占全部克隆子的比例分别为40.26%和38.96%）。（3）不同香型大曲微生物群落组成比较：①5个大曲样品细菌多样性由高到低依次为：后火曲＞清茬曲＞浓香型大曲＞红心曲＞酱香型大曲。真菌多样性由高到低依次为：浓香型大曲＞红心曲＞酱香型大曲＞清茬曲＞后火曲。②不同香型大曲间细菌和真菌群落组成均存在明显差异，且随着大曲制曲品温的升高，耐高温的芽孢杆菌、高温放线菌、嗜热或耐热霉菌所占的比例也逐渐增大。③本研究还检测到了传统培养方法未检测到的枝芽孢杆菌（Virgibacillus）、明串珠菌（Leuconostoc）、葡萄球菌（Staphylococcus）、链霉菌（Streptomyces）、高温放线菌（Thermoactinomyces）、糖多孢菌（Saccharopolyspora）等细菌类群；扫帚状曲霉（Aspergillus penicillioides）、Xeromyces bisporus、Thermomucorindicae-seudaticae、Trichomonascus ciferrii等真菌。