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虾夷扇贝(Mizuhopecten(Patinopecten)yessoensis)属软体动物门(Mollusa),半鳃纲(Lamellibranchia),翼形亚纲(Pterimorphia),珍珠贝目(Pterioida),扇贝科(Pectinidae),虾夷扇贝属(Mizuhopecten)。20世纪80年代初,辽宁海洋水产科学研究院从日本青森县陆奥湾引入中国,目前成为我国北方沿海重要的养殖品种。本研究构建了虾夷扇贝外套膜全长cDNA文库。对该文库中随机选取的960个克隆进行5’端测序,获得了923条有效EST序列。通过生物信息学的方法对这些序列进行拼接后得到567条unigene,包含105个序列重叠群(contig)和462条singletons,计算序列的平均长度为774 bp。利用BLASTX和BLASTN对数据库中的序列进行比对分析,发现存在明显相似性的序列有267条,占总数的47.1%。将所有EST序列按其序列相似性功能进行分类(COG分类)后,157条unigene获得了基因注释,约占序列总数的27.7%。在已知的功能序列中,发现部分与机体防御相关的基因,如大防御素、G型溶菌酶、热休克蛋白70、肽聚糖识别蛋白、Tis11蛋白、氧化酶与抗氧化酶类等。利用SSRIT软件对虾夷扇贝外套膜cDNA文库的EST数据进行微卫星查找,发现62条含有微卫星的EST序列,占EST总数的10.9%。两碱基重复类型的微卫星序列最多,共50条,占文库中微卫星序列总数的80.6%,其中以(at)n重复最多(16条)。根据这些序列,设计了20对针对微卫星的特异性引物。虾夷扇贝mtDNA非编码区2(NcR2)具有很高的序列变异性,利用这一特征,采用PCR产物直接测序法对大连獐子岛(ZZD)、大连旅顺口(LSK)、日本青森县(QSX)及俄罗斯海森崴(HSW)4个群体的共40个虾夷扇贝的线粒体NcR2序列进行分析。测序得到14种单元型序列,其中ZZD群体中的单元型类型最多,群体的遗传多样性较高。在4个群体的NcR2序列中,发现15个变异位点,包括9个转换位点、2个颠换位点、4个插入/缺失位点。ZZD群体与LSK群体中均具有与日本群体相同的单元型H2,表明它们之间关系较近。