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杂交水稻制种过程中，由于不育系普遍存在包颈现象，需要大量使用赤霉素，使其穗颈伸长，剑叶下伸，提高异交结实率。赤霉素的喷施不但要求有较高的喷施技术、准确的施用时期和较为苛刻的天气条件，更重要的是赤霉素大量施用将导致制种成本的增加、加剧对环境的污染。鉴定出对赤霉素敏感的等位基因，是聚合有利基因改良不育系异交性状的基础。改良不育系对赤霉素的敏感性，对于提高制种产量，降低制种成本，减少环境污染以及轻型高效制种技术研发具有重要的实际意义和应用前景。本论文开展了两项研究。一是以粳稻品种秀水79与C堡及其杂种后代用一粒传法衍生的254个重组自交系(RIL)群体为材料，通过2007年在南京（简称E1环境）和2008年在南京（简称E2环境）2个环境的试验，分析了水稻剑叶角度和株高、第一节间长度和第二节间长度对赤霉素敏感性并进行了控制这些性状的QTL定位分析及其与环境互作。二是检测了武育粳7号和A7444之间的SSR标记。获得的主要结果如下：
1.对于秀水79和C堡的杂交后代通过一粒传法衍生的RIL群体254个株系，运用Win Cartographer2.5软件中的复合区间作图法，在全基因组5％显著水平上，2个环境中共检测到10个控制不同性状对赤霉素敏感性的QTL，分布在第1、3、8、9和11染色体上。只在E2环境下检测到3个控制剑叶角度对赤霉素敏感性的QTL,分别位于第3、9、9染色体上。其中，qIFLA-3位于第3染色体的SSR标记RM545～RM3766之间，增效等位基因来自秀水79，解释表型变异的5.6％;qIFLA-9-1位于第9染色体的SSR标记RM6570～RM5652之间，增效等位基因来自C堡，解释表型变异的13％;qIFLA-9-2位于第9染色体SSR标记RM5652～RM410之间，增效等位基因来自C堡，解释表型变异的11.8％。控制株高对赤霉素敏感性的QTL共检测到4个，其中，qIPH-8-1和qIPH-11在E1环境中被检测到，分别位于第8染色体的RM281～RM264和第11染色体的RM21～RM206区段上，分别解释表型变异的4.08％和8.36％，增效等位基因均来自于C堡；qIPH-1和qIPH-8-2在E2环境中被检测到，分别位于第1染色体的RM486～RM265和第8染色体的RM1235～RM331区段上，分别解释表型变异的8.46％和10.97％，增效等位基因分别来自于C堡和秀水79。控制第一节间长度对赤霉素敏感性的QTL只在E2环境中检测到1个，qIFIL-3位于第3染色体的SSR标记RM7097～RM448之间，解释表型变异的4.78％，增效等位基因来自C堡。控制第二节间长度对赤霉素敏感性的QTL检测到2个，其中qISIL-1在两个环境中均被检测到，位于第1染色体的SSR标记RM486～RM265之间，分别解释表型变异的8.62％(E1)和7.34％(E2)，增效等位基因来自C堡。qISIL-11只在E1环境中被检测到，位于第11染色体的RM21～RM206区段上，解释表型变异的7.07％,增效等位基因来自于C堡。
2.武育粳7号和A7444之间的SSR标记的检测
周394对SSR引物扩增武育粳7号(P1)和A7444(P2)的总DNA，双亲之间有多态的SSR引物112个，多态率为28.4％。其中第2染色体的多态率最高，第8染色体的多态率最低。