随着经济结构的转型和发展,公司需要不断寻求外部融资以拓展规模。不同于传统公司,创新型公司所处竞争环境瞬息万变,企业商机的把握需要依赖创始人敏锐的洞察力,因此创新型公司的发展取决于创始人的生产经营能力。2014年,国内知名度最高、发展潜力巨大的两家互联网企业“京东”和“阿里巴巴”先后选择赴美上市,无疑给中国资本市场敲响警钟。依据“一股一权”原则,股东只能通过向公司贡献财务资本的方式取得控股股东的地位,股东的控制权应当与出资额相当。随着现代科技的发展,新兴技术层出不穷,知识产权、商业模式、创新技术等智力资本对于企业发展的影响力与日俱增,成为企业能否脱颖而出的关键。拥有智力资本的创始人对经营方针、发展方向的选择,是公司发展的决定性因素,我们应当认同智力资本的特殊价值,接纳以智力资本出资的股东。通过规范的制度设计,一方面尊重公司根据需要发行不同种类的股权,以保护公司行为自由;另一方面对设置不同种类股权的公司加以限制,保证控制权的规范行使,从而避免中小股东权益遭受侵害,保障公司参与各方权益的均衡。立足于股东同质化假设的“一股一权”原则与公司融资发展需求之间存在紧张关系,双层股权结构作为特殊的股权结构,保证互联网公司在做大做强的基础上,不再受到“控制权保持和对外融资取其一”的困扰。在保证中小股东权益不受损害的同时,适当放松公司法关于股权结构的硬性规定,为创新型企业的发展预留空间,有助于激发创新企业的积极性。本文通过对双层股权结构公司进行实证分析,针对科创板双层股权结构运行中公司治理、投资者权益保护方面已经出现及可能面临的问题,借鉴域外成熟的双层股权结构制度,探索如何构建我国制度框架,以切实保障中小股东权益。