在全球范围内，农业面源污染已成为水体污染的主要原因之一，对农业面源污染的控制成为水污染治理的重中之重。近年来，各国都注重在试验研究基础上发展环境友好的农业生产技术替代原有技术从而对农业面源污染进行源头控制。本文应用国家重大科技专项“滇池流域面源污染控制技术研究”成果“双室堆沤肥系统”，设计使用双室堆沤肥不同的四种处理方式施肥。　　 通过四种不同施肥方式施肥前后对作物产量、作物品质、土壤肥力、根际土壤微生物数量以及农田地表径流和地下渗流氮、磷流失量变化影响的对比研究，探讨双室堆沤肥系统产生的双室堆沤肥的最佳使用方法。　　 研究结果表明：　　 (1)处理B的产量优于其他处理的产量，对增加作物产量具有明显优势。　　 (2)处理B施肥方式与其他施肥方式相比能提高土壤养分，改善土壤微生态环境，同时可以提高作物品质，保障食品安全。　　 (3)处理B施肥方式的农田径流水和渗流水的污染物(TP、TN和NO3-N)流失浓度值和流失量相对偏低。　　 (4)通过试验研究，本文认为在应用“双室堆沤肥系统”施肥时，按照处理B方式施肥可获得最好的效果。与其它3种处理方式比较，处理B施肥方式对增加作物产量、提高作物品质、增加土壤肥力、改善土壤微生态环境以及控制农田径流水的污染效果最好。若能将该施肥方式推广，可实现在取得更好的经济效益的同时取得更好的环境效益。因而使用“双室堆沤肥系统”的处理B方式施肥具有推广价值。