西葫芦属于葫芦科南瓜属西葫芦种,营养丰富,具有重要的药用价值和经济价值,适应性强,栽培面积大,深受人们喜爱。对西葫芦种质资源遗传多样性的研究,有利于种质资源的搜集、整理、鉴定、开发利用和保存。形态标记从表观性状反映种质间的差异,分子标记从DNA水平反映种质间的差异。ISSR分子标记技术具有操作简单、高分辨率、高重复性、多态性丰富和安全性高的优点,已被广泛用于品种鉴定和多样性分析等方面的研究。本研究用形态学标记和ISSR标记对44份西葫芦的遗传多样性进行了研究,主要结果如下:1.分别对30份亲本和14份品种的13个形态指标进行了分析。结果表明,西葫芦13个形态指标具有丰富的遗传多样性。30份亲本变异系数最大的株幅(56.36%),最小的是老瓜横径(17.14%);Shannon多样信息指数以叶面积最大(1.96),生长习性的最小(0.61)。14份品种变异系数最大的是生长习性(34.59%),最小的是瓜形指数(15.06%);Shannon多样信息指数最大的是叶柄长度(1.65),最小的是老瓜横径(0.41)。2.形态学性状聚类结果表明,在相似系数为0.20处,将30份亲本材料分为3类。第一类包括30和33这两个长长棒形父本材料;第二类包括10份长棒形父本材料;第三类将瓜形为高圆、短筒、圆筒和长筒的18份母本材料聚为一类。在相似系数为0.23处,将14份品种材料分为3类。34号扁圆形品种单独聚为一类,第二类包括6份矮生材料,第三类包括7份半矮生材料。由此可见瓜形和蔓性是西葫芦种质资源的重要形态指标。3.从50条引物中筛选出18条引物用于ISSR标记分析,扩增出203条带,其中多态性条带153条,多态比率为74.9%,平均每条引物11.3条带,8.4个为多态性条带。Na、Ne、H、I 的平均值分别为 2、1.6117、0.3493、0.5182。4.ISSR标记的聚类结果显示,不同品种的母本和父本都分别聚类到不同的类群中,在相似系数为0.55处,将30份亲本材料分为2个类群。第一类为2个长长棒形的父本材料,第二类的28份材料在相似系数0.67处分为3个母本亚类和1个父本亚类,第一亚类包括4份圆筒形母本材料,第二亚类包括4份长筒形母本材料,第三亚类包括11份长棒形父本材料,第四亚类包括9份高圆到短筒形的母本材料。在相似系数为0.62处,将14份品种分为4类。第一类包括6份矮生的露地栽培材料,第二类包括3份半矮生春秋保护地栽培材料,第三类包括4份半矮生越冬茬材料,扁圆形的34号品种单独聚为一类。5.形态学与ISSR标记聚类结果基本一致。从亲本材料聚类结果看,2个长长棒父本材料与其他亲本材料亲缘关系较远都首先聚为一类,其余亲本分别聚到母本群和父本群中,不同的是ISSR标记聚类把母本进一步分为3个亚类;从品种聚类结果看,都是扁圆形34号品种单独聚为一类,矮生品种聚为一类,半矮生品种聚为一类,不同的是ISSR标记聚类进一步把半矮生品种分为两类。品种的形态标记和ISSR标记的相关系数为0.4228,高于亲本材料的相关系数0.2012,二者的一致性较低。6.ISSR标记聚类结果表明,亲本间相似系数较高为0.55-1,其中14和5、12和15以及9、3和18、23和26都分别为同一个亲本材料,可见我国目前西葫芦育种所用的材料遗传背景较窄,在今后育种中应广泛收集资源。