美洲黑杨×青杨派是优良的杂交组合，可以从中选育出具有速生、抗逆境等优良特性的杨树新品种，但是这些杂种无性系苗期形态特征差异很小，肉眼不易分辨，特别是在冬季落叶后，更加难以准确鉴别，严重影响品种早期选育及推广进程。分子标记是鉴定品种、无性系以及遗传关系分析的有力工具，因此运用分子标记对杨树无性系的鉴定以及遗传关系分析很有必要。本研究以9个美洲黑杨×青杨派杂种无性系和3个父母本为材料，利用SSR和SCoT分子标记对这12个供试材料进行分子鉴别、指纹图谱构建以及遗传关系分析，并且比较两种分子标记在美洲黑杨×青杨派杂种无性系遗传分析上的适用性。研究结果如下:　　1.从20对SSR引物中筛选出12对多态性引物，共扩增出清晰条带94条，每对引物平均扩增条带为7.83条，其中，多态性条带85条，多态性比率达到90.4％，扩增产物主要分布在100～300 bp之间。　　2.从40个SCoT引物筛选出14个多态性高的引物，共扩增出清晰条带127条，每个引物平均扩增条带为9.07条，其中，多态性条带95条，多态性比率达到74.8％，扩增产物主要分布在200～1500 bp之间。　　3.基于SSR分析的12个无性系间的遗传相似系数在0.4353～0.8000之间，平均相似系数为0.6177，变幅为0.3647，在遗传相似系数取平均值时，12个无性系被分为3大类;基于SCoT分析的12个无性系间的遗传相似系数在0.4043～0.8723之间，平均相似系数为0.6383，变幅为0.4680，在遗传相似系数取平均值时，12个无性系被分为5大类。　　4.利用12对SSR引物扩增出的85条多态性条带和14个SCoT引物扩增出的95条多态性条带分别绘制12个无性系指纹图谱，在指纹图谱中，每个无性系的谱带位置和大小都各不相同，说明这12个供试无性系在DNA水平上具有一定的遗传差异，据此可将它们区别开来。　　5.对2种分子标记进行比较，SSR和SCoT标记的条带平均信息量分别为0.45，0.40;有效多元比率分别为7.08，6.79;分子标记指数分别为3.19，2.72。前者的各指标数值均比后者高。　　6.Mantel检验表明SSR分子标记和SCoT分子标记所得到的两个遗传相似系数矩阵之间呈显著相关(r=0.5013，P=0.003)，2种分子标记在杨派杂种无性系品种鉴定和遗传关系研究中均是可行。