CO2是植物进行光合作用必不可少的底物,目前大气CO2浓度逐渐升高,必定会对植物的生长产生影响,而对植物病害发生的影响研究甚少。因此,为明确高浓度CO2对病害发生程度以及对植物与病原物互作的影响,本研究以番茄为供试材料,调查了普通环境和高浓度CO2环境下病害的发生情况,在此基础上对发生严重的病害进行了转录组分析,结果如下:1、CO2浓度升高不仅会加强植株的生长,而且对番茄叶霉病、番茄灰霉病、番茄早疫病、番茄花叶病毒病的发病率及病情指数都有所改善,而对番茄枯萎病的发病情况无明显变化。并且在相同的生长环境中,番茄花叶病毒病较其他病害发生较重。2、进行了普通环境下正常植株(Cl、C2、C3)、普通环境下接种TMV植株(T1、T2、T3)高浓度CO2环境下正常植株(CC1、CC2、CC3)高浓度C02环境下接种TMV植株(TC1、TC2、TC3)12个样品的转录组测序分析,共获得84.92Gb Clean Data,各样品Clean Data均达到6.73Gb,Q30碱基百分比在91.37%及以上。分别将各样品的Clean Reads与指定的参考基因组进行序列比对,比对效率从85.79%到94.51%不等。基于比对结果,进行可变剪接预测分析、基因结构优化分析以及新基因的发掘,发掘新基因1,027个,其中864个得到功能注释,5,073个基因的结构得到优化。3、通过对4个差异基因表达集进行功能注释和富集分析,发现参与植物激素信号转导途径的差异基因表达为下调,而参与谷胱甘肽代谢以及碳水化合物等抗病相关代谢的基因均表达为上调,因此证明高浓度CO2和TMV的外界胁迫激发了番茄的抗病基因表达。这些转录组分析为开展番茄抗病基因组学的研究提供了依据。