蛋白质-DNA相互作用对于生物体内许多基本生命活动都至关重要,主要包括:基因转录调控、DNA复制、DNA修复、DNA重组以及染色质形成等。而蛋白质-DNA相互作用的分子识别机制至今尚未被完全阐明。随着包括人类在内越来越多的物种基因组被破译,产生了大量的DNA和蛋白质序列数据,其中也包括蛋白质-DNA复合体结构数据。因此,开发DNA结合蛋白中潜在的与DNA结合的氨基酸残基的计算机预测方法已显得十分重要。本研究从DNA结合蛋白中提取了四种氨基酸分类特征,使用这些分类特征训练了最佳的支持向量机分类器。四种氨基酸分类特征包括:特定位点打分矩阵、疏水性指数、净电荷、氨基酸偶极子作用。预测结果表明,四种分类特征中的特定位点打分矩阵在DNA结合氨基酸残基的预测中起到的作用最大,而使用组合多个氨基酸分类特征的复合分类特征训练的支持向量机分类器能够显著提高与DNA结合的氨基酸残基的预测效果。另外,在对DNA结合蛋白中与DNA结合的氨基酸残基进行预测时,还寻找了影响预测效果的最佳氨基酸残基序列环境。最后,使用对分别取自于脊椎动物、植物、原核生物的三个DNA结合蛋白的预测结果证明了本研究中提出的DNA结合氨基酸残基预测方法的有效性。