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重庆是有着典型城乡二元结构的直辖市，农村面积大，农业人口多。近年来，随着社会经济快速发展、人口快速增长，迫于农业产品供给压力，种植业过度施用化肥，畜禽养殖业迅速发展，流失的化肥和畜禽养殖业排放的污染物使重庆市水环境质量呈现恶化趋势。基于此，本文从整体上定量分析重庆市农业污染物入河量对水环境产生的影响，并对其进行评估，旨在为重庆市水环境保护决策的制订提供科学依据，对保障三峡库区水安全提供思路。本文综合考虑种植业、畜禽养殖业和水产养殖业产生的污染物对水环境的影响。首先计算出重庆市农业污染物(COD、TN和TP)的入河量，对重庆市农业污染物空间差异进行分析；其次，借助―污染足迹‖模型，计算农业有机污染物(COD)、总氮(TN)污染足迹，同时分析污染足迹空间差异；再次，构建了农业污染压力模型，定量评估了重庆市农业污染物排放对水环境影响程度。得出的结论如下：(1)重庆市农业有机污染物(COD)入河量为87882.712吨，主要来自畜禽养殖业。空间上，渝东南区和渝东北区的区县COD入河量较低，城市发展新区的区县较高。农业污染物总氮(TN)入河量为27972吨，主要来自种植业和畜禽养殖业。空间上，都市功能区和渝东南区的区县TN入河量较低，城市发展新区高。农业污染物总磷(TP)入河量为3409.252吨，主要来自种植业和畜禽养殖业，城市发展新区和渝东南区的区县总磷(TP)入河量低，渝东北区的区县较高。(2)重庆市农业有机污染物(COD)污染足迹为129620hm2，主要来自畜禽养殖业，水产养殖业COD污染足迹较少。空间上，渝东南区的区县COD污染足迹较低；荣昌县的COD污染足迹最高，万州区次之。农业总氮(TN)污染足迹为563948hm2，主要来自种植业和畜禽养殖业，水产养殖业最低；都市功能区的区县的总氮(TN)污染足迹较低，城市发展新区的区县较高。(3)重庆市人均农业COD污染足迹为0.025hm2/人，但区县差异明显。城市发展新区和渝东南区的区县农业COD污染足迹较低，都市功能区和渝东北区的区县较高。人均农业TN污染足迹为0.107hm2/人，各区县人均农业TN污染足迹差异大。农业万元产值COD污染足迹为0.0041hm2/万元，各区县差异明显。万元产值TN污染足迹为0.0178hm2/万元，空间上，城市发展新区的区县万元产值TN污染足迹较低，渝东北区和渝东南区较高。(4)重庆市农业污染足迹是重庆市水域面积的2.568倍，污染承载力为219638hm2，污染赤字344307hm2，农业活动排放的污染物已超出环境的承载力。空间上，污染赤字严重的区县主要分布在城市发展新区。重庆市农业污染压力指数为2.568，中度污染和重度污染的区县主要分布在城市发展新区。若要减少重庆市农业污染，重点应该放在整治畜禽养殖业和种植业，将畜禽养殖业和种植业统一起来，将畜禽养殖业粪尿资源化、肥料化，减少种植业化肥施用量，提高作物对化肥吸收利用率，建立农业缓冲带，发展生态农业，以期减少污染物入河量。