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我们从A.vinelandii突变株DJ35中纯化得到了△nifE Av1，并通过与OP Av1相比较对其特性进行了研究。虽然△nifE Av1以四聚体形式(α2β2)存在，但却表现出两种天然电泳行为。与OP Av1相比，△nifE Av1中的金属含量较低，每个蛋白分子仅含9.96个铁原子、0.36个钼原子。OP Av1和△nifE Av1的吸收光谱相似，均在280 nm附近出现蛋白吸收峰，在300-600 nm波长范围内光吸收普遍降低，并无特征峰出现。虽然△nifE Av1可见光区域CD谱的摩尔消光系数(△ε)总比OP Av1小，但在520 nm区域附近摩尔消光系数减少的相对值明显大于在450 nm附近摩尔消光系数减少的相对值。△nifE Av1的EPR信号明显与OP Av1不同，在g≈3.7处的EPR信号完全消失，在g≈4.3和2.0处的EPR信号强度也分别降低了75％和50％以上。△nifE Av1不能与Fe蛋白组成活性单位，但被FeMoco激活后可与Fe蛋白组成活性单位。除此之外，我们还对△nifE Av1和△nifH Av1的结晶条件进行了筛选，并得到了优质小单晶。上述结果表明，△nifE Av1不含FeMoco，但具有与OP Av1相同的P-cluster。
我们在纯化△nifE Av1的过程中，发现一个类似OP Av1的β亚基的污染蛋白，经MALDI-TOF质谱鉴定这种蛋白是棕色固氮菌中—预测基因的产物。我们探索出一种纯化方法，并首次得到80％电泳纯的蛋白，将其命名为HBP59蛋白。HBP59为—单体蛋白，分子量约为59 kDa。金属测定结果表明每个蛋白分子中含有0.42个铁原子。HBP59蛋白的可见光谱表现出典型的血红素蛋白光谱特征，还原态的HBP59蛋白在421 nm处有最大吸收峰，同时在517 nm、556 nm处有两个伴随肩峰出现，A421/A280仅为0.146。HBP59蛋白氧化后，吸收峰发生蓝移，最大吸收峰从421 nm移到413nm，517 nm和55 nm处的肩峰消失，A413/A280为0.168。HBP59蛋白的可见光区圆二色谱比较复杂，正峰出现在420 nm，406 nm，379 nm和364 nm；其摩尔消光系数分别为0.75 M-1·cm-1，0.94 M-1·cm-1，0.68 M-1·cm-1和0.99 M-1·cm-1；负峰出现在433 nm和392 nm，其摩尔消光系数分别为-1.13 M-1·cm-1和-0.78 M-1·cm-1。血红素滴定实验结果说明每个HBP59蛋白分子结合了0.1个血红素，但每个蛋白分子具有最大结合1个血红素的能力。该蛋白对温度相对敏感，高于40℃蛋白开始沉淀。除此之外，我们还对HBP59的晶体培养进行了初步探索。上述结果说明HBP59是一个结合血红素的蛋白，它在菌体内可能并未扮演贮藏血红素的角色，而是可能参与血红素的运输或附着。