设施农业在我国发展迅速，它是农业战略性结构调整的一个重要方向，也是农业增效、农民增收的一项重要手段。但由于多年连作、肥水管理不合理等原因，设施内土传病虫害增多、品质劣、产量低等连作障碍表现已明显影响农业的可持续发展。为此，本实验在前期研究基础上，供试具有促生拮抗作用的6株根际细菌G28-6，G15-7，K9-3，A21-4，L14-2，R2-1筛选固体培养基和培养条件，探索与辅料的混合配方，配制成微生物肥料，通过设施连作7年的土壤进行辣椒盆栽试验，分析其对辣椒形态及生理指标、土壤理化性质、土壤酶活性的影响，以及辣椒疫病的防治效果，为设施连作障碍的生物防治提供有效的方法和途径。获得的主要试验结果如下：1.对待选的6株菌，在大米培养基上培养以及与辅料结合培养筛选，通过菌的生长速度和数量的观察结果，菌在大米培养基上的最佳培养时间为3天，与辅料结合适应其生长环境的菌株为A21-4，G15-7，G28-6等3菌株。2.筛选的A21-4，G15-7，G28-6等3菌株，以单株菌或复合菌与辅料（腐殖酸、鸡粪和氨基酸）按一定的的比例配制成微生物肥料，与CK1（EM1号），CK2（辅料），CK3（清水）为对照进行土壤处理，对辣椒形态和生理指标的影响表现：处理BF在株高和茎粗上表现优异，株高比CK3增高23.91%，茎粗比CK2增加24.6%；菌肥处理地上部、根部干鲜重与对照CK2和CK3差异显著，但各微生物肥处理之间无显著差异；处理AF叶片叶绿素含量比对照CK2高61.30%，根系活力比对照CK2高68.53%，菌肥处理有利于提高叶绿素含量和根系活力，促进植物生长。3.微生物肥对连作土壤理化性状的影响结果：微生物肥处理比CK2(辅料)有机质含量高，土壤PH值增加，EC值下降，因为微生物肥具有促进土壤中腐殖质的形成和其他物质的转化，使得土壤中有机质含量升高，降低了土壤酸化，缓解了土壤盐渍化程度；土壤中速效氮、速效磷、速效钾含量最高时比CK2分别多出33.55%、22.67%、18.31%，表明微生物肥处理提高土壤酶活性，促进土壤养分的有效转化；土壤过氧化氢酶呈逐步升高的趋势，后期下降，土壤脲酶活性前期下降，之后趋于平稳，磷酸酶各个处理间变化规律不明显，大致呈先升高后降低的趋势，处理BF效果最好，但是单株菌肥和复合菌肥处理之间差异不显著。4.设施连作辣椒土传病害疫霉接种抗病鉴定结果表明：无论是单株菌还是复合菌肥处理均具有一定的增强辣椒植株抗性，叶片防御酶POD、PAL、SOD活性均比对照CK2（辅料）、CK3（清水）高；各菌肥处理均有较高的根际土壤微生物定殖量，达到106cfu·g-1；防治辣椒疫病效果明显，处理BF、CF及CK1发病率为零，而对照CK2和CK3发病率达58.33%。