MiRNA联合标记物对肾透明细胞癌发展及不良预后的评价分析

来源 :中国医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:sangjianfei1
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:肾细胞癌(renal cell carcinoma,RCC)是泌尿系统最常见的恶性肿瘤之一,约占成人恶性肿瘤发病率的3%。肾透明细胞癌是肾细胞癌的主要表型,大约占到80%。MiRNA是由大约22个核苷酸构成的单链、内源性非编码小分子RNA,相对稳定,miRNA参与了众多的生物学过程。目前虽已发现一些miRNA与肾透明细胞癌密切相关,但多为单个的miRNA的标记物的研究,因单个miRNA标记物往往特异性不高,所以本研究旨在寻找多个miRNA联合标记物去准确预测肾透明细胞癌患者的预后。方法:本研究从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载与肾透明细胞癌相关数据集,分析癌与癌旁组间miRNA的表达差异。并从其中获取了539例肾透明细胞癌患者的miRNA表达谱和临床资料表,通过Kaplan-Meier曲线法对肾透明细胞癌患者进行生存分析,以此来筛选出具有潜在生物标记物特性的miRNA。通过在线的miRNA数据库:miRWalk、miRDB、DIANA TOOL和miRDIP来预测差异miRNA的靶基因。然后,利用共同的靶基因进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)基因富集分析来探究靶基因参与或者相关的生物过程和信号通路。差异表达的miRNAs同时也经过了RT-qPCR在肾透明细胞癌细胞系的验证。同时,差异表达miRNA与临床病理特征等也通过卡方分析、COX单因素和多因素分析等进行分析。结果:1、TCGA肾透明细胞癌数据中筛选得到72例癌旁组织和537例肾透明细胞癌组织样本纳入到研究,进行差异表达miRNA分析。筛选出在肾透明细胞癌癌与癌旁组织中263个差异表达miRNA,其中包括164个上调的miRNA和99个下调的miRNA(P<0.05,|FC|>1)。2、根据TCGA数据库提供的肾透明细胞癌表达谱芯片和临床资料,将上一步得到的差异表达miRNA通过Klan-Meier法进行生存分析,发现了miR-612、miR-616-5p、miR-760高表达的肾透明细胞癌患者具有较短的总生存时间,即预后不良。在卡方分析分析中,miR-612的表达与组织学分级相关;miR-616-5p的表达与T分期、组织学分级和病理分期相关;miR-760的表达与T分期、N分期、组织学分级和病理分期相关。3、Cox单因素和多因素分析显示这三个联合的miRNA标记物有潜力成为肾透明细胞癌重要的预后标记物。Cox单因素分析中,根据联合miRNA的风险评分,分为高低风险表达组,生存曲线显示其与患者预后生存时间相关。Cox单因素分析的结果显示:病理分期(HR=3.784,P<0.001),T分期(HR=2.972,P<0.001),M分期(HR=4.186,P<0.001),组织学分级(HR=2.653,P<0.001),三个miRNA联合标记物(HR=1.546,P=0.005)与肾透明细胞癌患者预后总生存明显相关;多因素分析的结果显示:T分期(HR=1.794,P=0.002),M分期(HR=2.080,P=0.036),组织学分级(HR=2.400,P<0.001)和三个miRNA联合标记物(HR=1.499,P=0.012)是预测肾透明细胞癌患者预后的独立因素4、三个miRNA有241个共同的靶基因,进行基因功能富集分析。生物过程和分子功能分析显示靶基因与基因沉默、细胞蛋白代谢、低氧、核酸结合,转录因子丝氨酸/苏氨酸激酶受体信号活性等有关。细胞成分分析显示靶基因参与核小体、核质、细胞质基质、核染色质、蛋白复合体、转录因子复合体、胞外外泌体、细胞-细胞粘附链接等。KEGG通路分析显示靶基因参与了p53、低氧诱导因子1、AMPK、肾细胞癌、肿瘤中转录失调等信号通路。5、实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)结果显示三个miRNA(miR-612、miR-616-5p、miR-760)在肾透明细胞癌细胞系中高表达。结论:1、MiR-612、miR-616-5p、miR-760与肾透明细胞癌患者预后总生存以及TNM分期、病理分期等临床特征相关。联合三个miRNA的高风险组患者预后不良。2、三个联合的miRNA(miR-612、miR-616-5p、miR-760)共同靶基因参与了与肾透明细胞癌的发展相关的生物学进程与信号通路。3、三个联合的miRNA(miR-612、miR-616-5p、miR-760)标记物可作为肾透明细胞癌发生发展及预后评价的潜在标志物。
其他文献
本文主要分析在跨国诉讼背景之下进行文化财产追索的法律适用,共分成四个部分来探讨,希望对我国流失海外文化财产的回归能够有些许增益。第一部分阐述了文化财产返还争议的一
合理施肥 红富士苹果是喜钾品种。因此,7月份以后多追施钾肥,可使果实着色指数提高24.4%,糖分增加2.4%(绝对值)。叶面喷肥。果实临近着色时喷洒500毫克/公斤的稀土溶液,可使其着
报纸
对南京地铁一号线南京站车站不同区域的湿度实测并分析数据,对可能结露的区域提出改造方案。
气溶胶对室内空气品质的影响日益受到重视,可吸入颗粒物和其可能携带的病毒对人体的健康造成直接威胁。为了深入了解气溶胶颗粒在室内的沉降与扩散规律,有必要通过实验对不同
根据雾化冷却原理,建立了25t/h实验用上喷式无填料喷雾冷却塔,并通过2个工况的实验分析了喷雾位置对上喷式喷雾冷却塔冷却性能的影响。实验结果表明:将雾化喷头位置升高360 m
介绍了高效过滤器面风速及不均度对洁净区洁净度的影响,根据国内外的多个标准,分析比较了单向流洁净室和生物安全柜高效过滤器气流速度检测测点布置方法,并对高效过滤器气流速度
强震产生的地震波会对路基边坡造成巨大的破坏,严重摧毁道路、阻碍救援。基于这种具有强大破坏性的自然灾害,建立"地震波效应—地震力作用于边坡体—演化极限"形成的波动袭击链