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本研究利用石蜡组织切片法结合性腺外形差异判别，实现了大菱鲆（Scophthalmus maximus L.）4月龄幼鱼的早期性别鉴别。利用此方法，对2013年构建的大菱鲆37个良种选育家系，共计4022尾4月龄的幼鱼进行了家系水平及群体水平的性别比例研究。随机挑选其中的20个家系，共计2254尾幼鱼进行了体重数据采集，利用SPSS17.0软件对大菱鲆4月龄幼鱼雌雄个体体重差异进行了统计分析。从前期完成的大菱鲆性别特异性差异454转录组测序结果中，挑选524个预测SNP（Single Nucleotide Polymorphysim，单核苷酸多态性）位点，利用MassArray（MALDI-TOF MS Array，飞行质谱芯片）高通量SNP基因分型技术，以20个8月龄大菱鲆雌雄样本为材料，完成了398个454高通量转录组候选性别相关SNPs位点的筛选及分析验证。利用直接测序法对分布于6个contigs上的7组共35个SNPs位点进行了多态性验证及单倍型研究。结果如下：1.解剖观察发现，4月龄大菱鲆幼鱼性腺位于后部膀胱与外侧体壁之间，雌性性腺呈短棒状，雄性性腺呈细长线状，多数雌雄性腺外形差异已经很明显，从而达到了肉眼辨识多数4月龄幼鱼性别的目的。少数肉眼无法辨别的大菱鲆幼鱼卵巢和精巢，仍需利用石蜡组织切片—HE染色特征鉴别。与孵化后6月龄雌性性腺呈三角型，雄性性腺呈粗线条状有所不同，说明大菱鲆卵巢和精巢外形在早期是不断变化的。2.对4月龄幼鱼性别比例分化的研究发现，37个家系共4022尾个体中，雌性1596尾，雄性2420尾，雌雄比为1:1.52，雌雄性比极显著偏离1:1（P<0.01）；在家系水平，37个家系中有19个家系内雌雄性别比例显著偏离1:1（P<0.05），18个家系雌雄性别比例偏离1:1但不显著（P>0.05），其中13家系得雄性个体比例偏高。显示在人工养殖条件下，4月龄大菱鲆群体已经出现雌雄比例偏离现象。这种偏离也表现在部分家系中，其中一半以上家系内雌雄性比显著偏离1:1，而剩余的家系虽然雌雄性比偏离不显著，但大部分表现为雄性个体居多。从37个家系中，随机选取20个家系进行个体体重测量。结果表明，4月龄大菱鲆雌雄个体体重无论在群体还是家系水平都表现为差异不显著。说明在大菱鲆选育过程中，在4月龄开展的以体重为选育标准的良种选育过程不会对选育群体的性别比例造成显著影响。3.依据预测的SNP位点，从造成错义突变（mis-sence）、SNP位点所在的contig上含有20个以上reads数且突变率大于20%的预测SNP位点中，挑选了524个雌雄表达频率差异的（224个）和差异表达的（300个）候选SNP位点，其中转换突变类型占64.03%，颠换占35.97%，共设计成功引物417组。通过MassArray技术分型方法，在基因组水平上，在雌雄各10尾个体中进行SNP位点检测和验证。其中398个候选SNP位点分型成功，成功率达95.4%。在大菱鲆基因组中检测到165个SNP位点显示多态性，其中转换（A G或C T）突变类型占58.18%，颠换（（C A，C G，A T））占41.82%。利用Popgene32软件对165个SNP位点进行多态性分析，结果显示：165个多态性SNP位点的观测等位基因数（Na）均为2个，有效等位基因数（Ne）分布范围1.05122.000，观测杂合度（Ho）分布范围0.0000.9333，期望杂合度（He）的范围0.05000.5149，最小等位基因频率（MAF）分布范围0.02500.5000。多态信息含量分析显示，165个位点的PIC平均值为0.2739，低于标准值0.5。Shannon信息指数I*分布范围为0.11690.6931，平均值为0.5183，多数位点基因型频率符合哈迪-温伯格平衡（HWE）。分型分析结果显示，筛选到21个可能与性别相关的SNPs，但后随机挑选雌雄样本各20尾扩大样品进行检测验证，证实21个SNPs均非性别相关SNP位点。4.依据454转录组测序的SNP位点，从造成错义突变、3个以上相邻SNP位点存在于同一条contig上且相邻位点间距小于150bp的预测SNP位点中，挑选7组共计35个SNP位点，根据SNP位点所在6条contig序列（UNxiong14522、UNci670、UNci5009、UNci7774、UNci7877和UNxiong14976）设计通用引物，利用140个雌雄DNA样本进行PCR扩增与序列验证分析。在大菱鲆基因组中检测到3条contigs（UNxiong14522、UNci5009和UNci7774）存在12种单倍型，在基因组水平发现1种存在于UNxiong1497（2543bp）上与雄性性别显著关联的单倍型TTTAG（P<0.05）。本研究利用石蜡组织切片结合肉眼观察雌雄性腺形态差异的方法，对4月龄大菱鲆幼鱼进行性别鉴别、雌雄性比统计及体重差异分析，利用Mass Array高通量SNP分型技术进行大菱鲆性别相关SNP位点和单倍型的筛选及分析，旨在探究大菱鲆早期性比分化机制、寻找性别特异SNP标记，实现交配亲鱼性别的早期鉴定，为有效交配方案的制定提供准确性别信息，亦期望能为大菱鲆性比偏离机制、性决定基因及全雌苗种培育等相关研究及良种选育工作提供理论依据和基础资料。