信息学的发展,给生命科学带来新的机遇和挑战,产生了多学科交叉的生物信息学。转录调控机制是后基因组时代生物信息学的研究热点。本文分析了多转录因子组合调控机制与基因表达和蛋白质互作的关系。首先介绍了转录调控的概念、转录调控分析的背景和意义,以及组合调控机制的相关分析方法。DNA基因芯片检测技术可同时检测成千上万个基因表达量,蛋白质互作数据给出了蛋白质之间的相互作用关系,为在基因组层面研究转录因子组合调控与其基因表达一致性和蛋白质相互作用研究提供可能。在本文中,提出一种新的信息学方法,该方法可识别组合调控的转录因子与其靶基因,并给出转录因子组合调控与基因表达一致性和蛋白质互作关联测度,从而发掘出转录因子组合调控关系。将该方法应用于啤酒酵母转录调控研究中,发现了大量全新的转录因子的组合调控关系。最后开发了相应的计算和可视化平台,实现了对数据的自动化处理和分析。