新疆地处我国西北边陲，幅员广袤，居亚洲大陆腹心，战略地位十分重要。清朝收复新疆的功臣左宗棠在回顾乾隆以来西北历史时曾指出：“重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以卫京师，西北臂指相联，形势完整，自无隙可乘。若新疆不固，则蒙部不安，匪特陕甘山西各边时虞侵轶，即直北关山亦将无安眠之日”。由此可见，新疆对整个中国边疆乃至对中国国家的稳定都有着重大影响，加强对新疆的治理事关重大。从汉设西域都护，唐开安西、北庭都护，历代中央政权对新疆的治理制度均是因地制宜。清朝统一新疆后，在吸收前代治理经验的基础上，设立军府制度，这种治理体制在清朝统治新疆前期曾发挥了重要作用。但在鸦片战争后，清朝面临着严重的危机，内忧外患接踵而来，随着形势的发展，军府制度的弊端也日益暴露，特别是在阿古柏和沙俄入侵之后，清朝在新疆的治理机构被破坏殆尽，这就促使清政府重新考虑治理新疆的体制问题。在左宗棠、刘锦棠等人的一再建议下，清政府终于决定于光绪十年（1884年）设立新疆省，从而实现了新疆与内地行政治理制度的统一，这种治理体制一直延续到清朝灭亡。晚清时期新疆治理经历了一个艰难曲折的过程，前人对这一问题的研究，多集中于对军府制度或新疆建省情况的研究，而对晚清时期新疆治理综合考察，尤其是对新疆建省后的治理体系问题研究还显得较为薄弱。本文以时间为顺序，重点对晚清（1840—1911年）在新疆的行省制度的建立及其如何治理进行较为系统的研究。全文分五个部分：一、“鸦片战争后清政府在新疆面临的危机与挑战”。通过对晚清在新疆面临的经费紧缺、吏治败坏、反清起义风起云涌以及外敌的入侵等问题，阐述在鸦片战争之后，清朝政府在新疆的治理所面临的危机和挑战，说明清朝政府在新疆原有的治理体制难以继续维持，必须代之以新的治理体制。二、“新疆行省制度的确立”。从清朝政府决定收复新疆入手，分三个方面，即是清军收复新疆、“善后局”的设置、新疆建省构想，论述新疆建省的背景、过渡性治理机构善后局的设立、建省的不同方案及建省的最终实现等问题。 <WP=3>三、“新疆建省后的治理”。本节是论文的重点，新疆建立行省之后，面临着如何将原来的军府制度治理转变为行省制度治理的问题，为了适应新的治理体制必须进行一系列调整。本节从政治、军事、经济、教育、宗教、司法和外交七个方面，详细分析了新疆省的治理机构及其职能。四、“清朝末年新疆的治理”。光绪二十七年(1901年)三月，清朝政府成立政务处，作为“新政”的筹划、执行机构。很快，“新政”也在新疆推广开来。并且新疆的“新政”在政治、经济、军事、文化等领域都得到了程度不同的实施。应当说，“新政”的推行也是晚清政府对新疆治理措施的新变化。但最终“新政”并未能挽回清朝政府形将结束的命运，在辛亥革命的冲击下，晚清在新疆统治也就此结束。五、“晚清时期新疆治理评论”。本节从晚清时期以行省制代替军府制的先进性、建省后治理制度的新变化、行省治理制度对新疆的影响三个方面，对晚清在新疆治理政策、措施及其得失进行了总结。