目的：研究亚甲基四氢叶酸还原酶（MTHFR）A1298C基因多态性和谷胱甘肽硫转移酶(GST)M1基因多态性与晚期胃癌患者以卡培他滨为基础的方案化疗的疗效及生存的关系。方法：入组患者一共71例，在化疗之前抽取患者外周静脉血2ml并提取其白细胞DNA,然后用聚合酶链反应-限制性内切酶片断长度多态性(PCR-RFLP)方法和琼脂糖凝胶电泳方法分析亚甲基四氢叶酸还原酶（MTHFR）A1298C基因型、谷胱甘肽硫转移酶(GST) M1基因型。所有胃癌患者均用卡培他滨为基础的方案化疗，并按照实体瘤疗效评价标准（RECIST标准）进行疗效评价。最后采用多因素logistic回归和COX回归法统计分析各种基因型与疗效及生存之间的关系。结果：71例患者中，完全缓解（CR）仅1例，部分缓解（PR）有28例，总有效率（RR）为40.85%(29/71)。总体中位无进展生存时间为175天（95%CI:165.677-184.323天）；中位总生存时间为308天（95%CI:296.751-319.249天）。1、基因分布频率（1） MTHFRA1298C：A/A、A/C、C/C型基因频率别为66.20%（47/71）、32.39%(23/71)和1.41%。（1/71）。（2） GST-M1：功能型和空白型基因频率分别是43.66%(31/71)和56.34%(40/71)。以上基因位点的基因型频率分布均符合H-W遗传平衡(P>0．05)。2、不同基因型与化疗疗效的关系（1）MTHFR A1298C：47例A/A基因型患者中CR1例，PR23例，有效率51.06%；24例A/C+C/C基因型患者CR0例，PR5例，有效率20.83%，两者有统计学差异（P=0.014）。（2）GST-M1：31例功能基因型患者中，CR0例，PR12例，有效率RR=38.71%；40例空白基因型患者中，CR1例，PR16例，有效率RR=42.50%；两者无统计学差异（P=0.747）。logistic回归统计分析表明仅MTHFRA1298C与疗效有关。A/A基因型的患者疗效优于A/C+C/C基因型（OR值为0.252，95%CI:0.081-0.788）。3、不同基因型与化疗生存的关系Cox回归统计分析结果表明，MTHFR A1298C与无进展生存时间和总生存时间相关。（1）与中位无进展生存时间的关系MTHFR A1298C：A/A型中位无进展生存期较A/C+C/C型延长，分别是180天(95%CI:172.755-187.245天)、156天(95%CI:127.029-184.971天（)X2=6.395, P=0.011）。（2）与中位总生存时间的关系MTHFR A1298C：A/A型中位生存时间同样比A/C+C/C型延长，分别为323天(95%CI:301.835-344.165天)和275天(95%CI:223.912-326.088天（)X2=10.155, P=0.001）。结论：MTHFR A1298C基因多态性与化疗的有效率及生存均明显相关，其检测对于指导晚期胃癌患者选择以卡培他滨为基础的方案化疗和预测其疗效及生存预后有较高的临床价值，而GSTM1基因多态性的检测则无。