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本研究采用联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)联合推荐的12对微卫星引物,借助ABI3100自动测序仪,检测我国12个南方黄牛品种:皖南牛(WNan)、锦江黄牛(JJ)、广丰牛(GF)、闽南牛(MN)、南丹黄牛(ND)、海南牛(HN)、威宁黄牛(WN)、务川黑牛(WCH)、迪庆黄牛(DQ)、云南高峰牛(YNGF)、三江牛(SJ)、平武黄牛(PW)和3个外来品种:西门塔尔牛(SMT)、夏洛来牛(CRL)、德国黄牛(GY)在DNA水平上的遗传多样性。通过计算等位基因频率、多态信息含量、遗传杂合度、有效等位基因数、奈氏标准遗传距离和奈氏遗传距离,采用邻近结合法和非加权类平均法聚类方法,分析了12个中国南方黄牛品种内和品种间的遗传变异。研究结果如下:1、12个中国南方黄牛的遗传资源丰富,变异范围较大。在12个微卫星座位上拥有的等位基因数(3-17)比外来品种(3-10)要高。12个地方黄牛品种拥有特有等位基因(17)也比3个外来品种要多(2)。12个地方黄牛品种群体内遗传变异程度都高于其他三个外来品种牛。其中迪庆黄牛群体内遗传变异最高。2、12个地方黄牛品种与3个外来牛种之间存在很大差异,两者之间遗传距离较大。12个地方黄牛品种之中,锦江黄牛、广丰牛、威宁黄牛、务川黑牛、南