当前,世界各国越来越意识到科技创新带给国家的巨大进步,不断加大科技投入,力图抢占科技竞争的战略制高点。2013年4月,教育部公布“2011计划”首批14所国家协同创新中心,这显示了国家对高校协同创新的重视和支持力度上升到了新的台阶。高校协同创新的“前身”产学研合作虽然取得了较大的成就,但多方合作最关键的矛盾是利益分配难以协调,这常常使得产学研合作浅尝辄止,甚至不欢而散。利益分配问题弥久得不到解决的主要原因在于产学研合作各方部门条块分割严重,不能建立合理的管理体制,更没有行之有效的利益分配机制。在高校协同创新中用管理体制的创新带动利益分配机制的改革,把管理体制作为切入点,将理事会制度作为协调高校协同创新各方利益的平台,构建一种全新的利益分配机制是本文的研究重点和创新点。本文采用文献研究法回顾了国内外学者在产学研合作、高校协同创新、产学研利益分配研究方面取得的成果和不足。之后分别对高校协同创新利益分配系统和理事会制度进行研究：通过半结构访谈法分析了不同协同创新主体的利益诉求、协同创新利益分配的特点以及潜在问题。同时分析了协同创新中心的属性和特点,进而对高校协同创新管理体制——理事会制度进行研究,认为理事会制度应用到高校协同创新当中有着天然的制度优势,是适应高校协同创新特性的一种管理体制。在此基础上,构建了基于理事会制度的高校协同创新中心利益分配机制：在机制方面,通过理事会会议制定利益分配系统,包括确定利益分配影响因素,界定利益分配内容、原则、方法等；在体制方面：设立理事会利益协调委员会来实施利益分配流程。将利益分配流程的五个步骤分为三部分,初次利益分配、再次利益分配和反馈、评价与调整利益分配方案。本文创造性的将初次利益分配认定为类似于薪资结构中“基本工资”的概念,再次利益分配则类似于“绩效工资”。最后通过半结构访谈和案例研究选取六所国家首批协同创新中心为实证研究对象,分析了理事会制度下利益分配机制的现状。本文的研究对提高高校协同创新水平、增强我国科技竞争力有着重要的理论价值,对研究协同创新中心管理体制、制定利益分配机制有着现实借鉴意义。