本课题对上海地区2002年4～6月手足口病流行期间的病原进行调查。采集72例手足口病患儿的疱疹液、粪便、咽拭子共102份标本进行病毒分离，67例患儿的91份标本分离到病毒，检出率达93％。分别用EV71和CA16的特异性引物对分离到的病毒RNA进行RT-PCR检测，结果58例病人的78株病毒为CA16，9例病人的13株病毒为EV71，二者之比为6.4:1，说明这次手足口病流行的主要病原是CA16，同时存在EV71的散发。 本次分离到的EV71经国家CDC鉴定属新的C4基因亚型；与2000年上海分离的EV71病毒株不同，本次分离到的EV71病毒不能用EV71单价血清中和，提示可能存在抗原的漂移。 72例中有2例合并脑炎，其中一例病情较重，其咽部分泌物中分离到EV71，这是上海首例与EV71感染相关的手足口病合并脑炎病例。 本课题的研究结果为我国手足口病病原学调查提供了资料，对了解上海EV71分布及流行情况提供了参考；EV71在2002年上海地区呈散发；2002年上海EV71分离株属于新的C4基因亚型。