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肠道菌群在宿主营养吸收、免疫和发育等方面具有重要作用,是当前的研究热点。马氏珠母贝是重要的养殖品种,用于培育海水珍珠,具有很高的经济价值,目前尚未有关于马氏珠母贝肠道菌群的研究报道。本论文以海区养殖和人工饲料养殖的马氏珠母贝为研究对象,首先分析了自然海区养殖的马氏珠母贝肠道及水体环境中的菌群结构;然后比较了不同配方微胶囊饲料养殖的马氏珠母贝生长、生理指标以及肠道菌群结构差异,最后将各期实验获得的马氏珠母贝肠道菌群数据库进行了联合分析。结果显示马氏珠母贝肠道菌群结构可塑性较强,菌群组成和相对丰度受到养殖方式、饵料种类的影响较大,同时,也存在相对稳定的核心菌群。本研究首次从多角度认识马氏珠母贝肠道菌群的结构组成和演替规律,为开展马氏珠母贝的健康养殖和疾病防控、开发微生态制剂和优化饲料配方积累了基础资料。主要结果如下:1、分别采集雷州后洪和徐闻大井海区养殖的马氏珠母贝肠道(HP和DP)与海水菌群(HW和DW),16S rRNA-V4区测序和分析结果显示:(1)HP和DP的优势菌均隶属于蓝细菌门、柔膜菌门和变形菌门,优势菌属均为聚球藻属,浮霉状菌属和支原体属。(2)HW和DW的优势菌均隶属于蓝细菌门、变形菌门和拟杆菌门,优势菌属均包括聚球藻属和Candidatus_Aquiluna。(3)海水中菌群的物种丰富度和多样性均高于马氏珠母贝的肠道菌群;HP菌群的物种丰富度和多样性高于DP。2、检测了配方饲料D5-3(ED1)和D5-5(ED2)对马氏珠母贝2龄成贝的生长速度、消化能力、免疫能力、抗氧化能力以及肠道菌群的影响。结果显示:(1)ED1和ED2存活率差异不显著(P>0.05),但ED1壳长,壳宽,壳高和总重的绝对生长率显著高于ED2(P<0.05)。(2)ED1肝胰腺的淀粉酶、蛋白酶、AKP、T-AOC、SOD、CAT和GPx活性显著高于ED2组(P<0.05),而MDA显著低于ED1组(P<0.05);ED1肝胰腺的CAT,SOD,GPx,HSP70和NF-κB基因表达量显著高于ED2组(P<0.05),HSP90基因表达量差异不显著(P>0.05)。(3)ED1肠道菌群的物种丰富度和多样性显著高于ED2,优势菌隶属于变形菌门、厚壁菌门和柔膜菌门,可鉴定优势菌属为支原体属、乳球菌属和假单胞菌属;ED2肠道菌群结构单一,厚壁菌门占绝对优势,优势菌属为芽孢杆菌属、乳球菌属和海洋杆菌属。3、比较了小球藻粉和酵母粉混合(P0)、配方饲料D6-2(P2)和D6-5(P5)室内养殖的马氏珠母贝与海区养殖的马氏珠母贝(C)之间生长速度、消化能力、免疫能力、抗氧化能力以及肠道菌群的差异。结果显示:(1)组间存活率差异不显著(P>0.05),但壳长,壳宽,壳高和总重的绝对生长率差异显著(P<0.05),P2的绝对生长率最大。(2)组间肝胰腺的淀粉酶、蛋白酶、AKP、T-AOC、SOD、CAT和GPx活力等指标均有显著性差异(P<0.05),P2的免疫力和抗氧化能力均最大。(3)C菌群的优势门为蓝细菌门、变形菌门和柔膜菌门,优势菌属为聚球藻属和弧菌属;P0、P2、P5菌群的优势门均为变形菌门、柔膜菌门和拟杆菌门,最主要的优势菌属均为支原体属。4、对3批次一共8组马氏珠母贝肠道菌群进行了联合分析,结果显示:(1)在门水平上,各组马氏珠母贝肠道中共有菌隶属于12个门;海区养殖的HP、DP和C组相对丰度前五位的细菌门均由柔膜菌门、蓝细菌门、变形菌门、浮霉菌门和拟杆菌门组成,累计相对丰度占细菌总量的89.16%-98.30%;室内养殖的P0、ED1、ED2、P2和P5相对丰度前五位的细菌门占细菌总量的86.95%-99.92%,但组成有所不同,只有变形菌门、柔膜菌门均进入前五。(2)在属水平上,8组马氏珠母贝肠道中共有的可鉴定菌属为32个,累计相对丰度占细菌总量的9.57%-57.96%,其中,柔膜菌门中的支原体属、变形菌门中的弧菌属和浮霉菌门中的浮霉状菌属平均相对丰度最大且变异系数较小。