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分子遗传图谱构建和重要农艺性状QTL分析是植物基因组学研究的主要内容和基础。大豆是重要的经济作物,但由于其为古源四倍体,基因组含有广泛的复制区和丰富的重复序列,这使得其遗传图谱的研究落后于其他作物。SSR标记对来自不同群体的遗传图谱的整合起着关键作用。大豆基因组研究的一个重要内容就是创建针对特定农艺性状进行定位的群体,并以之为材料平台对重要农艺性状进行基因定位。
本研究以沈农6号为母本、OhioFG1为父本杂交得到的92个F<,7>代RIL群体为材料,构建了该群体基于SSR标记的大豆分子遗传图谱,并对顶端花序和短果枝性状、产量相关性状、蛋白质和脂肪含量、植株生长性状、荚粒性状、叶片性状、生育期结构性状等30个性状进行OTL定位分析,主要结果如下:
应用在沈农6号×OhioFG1分离的170对SSR标记构建一张包含27个连锁群的大豆遗传图谱。总长度为1745.5 cM,标记间平均间距为10.5 cM。每个连锁群上的标记数在2~15个之间,长度在1.8~168.0 cM的范围内。SSR标记在本图谱上分布较均匀,但也存在个别标记密集的区域,位于B2、D1b、D2_1、F、K、N等连锁群上。平均距离最大的连锁群为M,为19.85 cM,最小的连锁群为O_1,为0.90 cM。在27个连锁群中共有31个间距大于20 cM的标记区间,同时存在8个大的间隙。其中B2、D2、E、G、J、L、O连锁群被分成2段,有待进一步添加标记。整体上,本图谱在位置和顺序上很好地符合公共遗传图谱。
利用所构建的遗传图谱应用Windows QTL Cartographer V2.5采用复合区间作图法对顶端花序、短果枝等30个大豆重要农艺性状进行了QTL定位。在LOD>2.0时共检测到132个大豆农艺性状的QTL,分布在除D1a和O之外的18个连锁群上,C1、C2、I、K、L、O连锁群上的QTL位点较为密集。其中贡献率大于10%的QTL为85个,贡献率大于40%的QTL为11个。在两年的试验中均检测到有关顶端花序和短果枝性状的稳定的主效QTL,这两个性状紧密连锁,均受主效QTL作用和微效QTL的修饰。与株高相关QTL qPH-l-2和与主茎节数相关QTL qSNN8l-2定位于L连锁群上的同一区间,贡献率分别为45.35%和52.83%,推测其为主效基因。控制生育期结构性状的QTL集中分布在C2和O连锁群上,其中有关始花期、始荚期、始粒期、始熟期和生育期的1个主效OTL位于C2连锁群上同一位置(Satt100~Satt307),表明这5个性状可能由同一个基因或同一簇基因控制。分析控制大豆重要农艺性状的QTL为数量性状基因的克隆以及分子标记辅助选择打下了基础。