与1993年《公司法》相比，现行《公司法》有不少变化，其中最大的变化当属赋予了公司更大的自治权；而公司自治权的扩大，主要是通过设置诸如“公司章程另有规定的除外”（以下简称公司章程“另有规定”）之类的条款来实现的。现行《公司法》通过认可公司章程“另有规定”的形式，排除了原本应予适用的一些《公司法》条款；这样，作为市场主体的公司就可以在法律允许的范围内，根据自身的实际情况在公司章程中对公司内部事务作出事先安排，由此贯彻当事人意思自治的原则。然而，在公司实务中，因公司章程“另有规定”而经常引起纠纷；由于当事人的意思自治不能被推向极端，因而对这方面的纠纷，显然又不能简单地完全按照公司章程“另有规定”进行认定和处理。本文的主旨，即在于探究公司章程“另有规定”的司法裁判困境及其出路。全文除引言和结语外，分为五个部分。第一部分的目的在于提出本文研究的问题。本部分通过分析发现：现行《公司法》迎合时代需求，以认可公司章程“另有规定”的形式赋予了公司较大的自治权，但是，因相关理论的不完备及立法的不完善，法院在处理由公司章程“另有规定”而引起的纠纷中极易陷入困境。第二部分讨论了公司章程的性质；在此基础上论述了公司章程“另有规定”与《公司法》的关系。在理论界，关于公司章程性质的认识不一，存在“自治法说”、“契约说”等观点。本部分在评价这两种观点的基础上，对公司章程的性质作了揭示，认为公司章程兼具自治法和契约的属性。公司章程“另有规定”获致《公司法》的认同，从表面上看使得《公司法》与公司章程间的矛盾加剧，但事实上却使两者的关系更为密切。如何正确处理二者关系，关系到法院对公司章程“另有规定”纠纷的审理。第三部分探讨的是公司章程“另有规定”致司法裁判陷入困境的表现。在分析“周岩诉丰鹿公司案”的基础上，归纳出这方面的困境主要由初始章程与后续章程理论基础不一致、初始章程与后续章程在衔接上存在立法缺失、公司章程与《公司法》难以协调等导致。第四部分研究的是法院审理公司章程“另有规定”类案件中应遵循的原则。针对公司章程“另有规定”类案件具有复杂性的特点，结合现行《公司法》之立法精神，本部分提出，法院在审理此类案件时，应遵循尊重公司自治、宽缓与灵活相结合、追求实质正义等原则。第五部分涉及的是司法介入公司章程“另有规定”的制度建设问题。本部分认为：为尽可能预防因公司章程“另有规定”而引起的纠纷，可考虑由相关部门提供公司章程指引意见；为准确认定和处理公司章程“另有规定”案件，可考虑建立案例指导制度、引入经营判断规则等。