对我国所有自然生态空间进行统一确权登记是2013年党的十八届三中全会审议通过的《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》中明确规定的一项改革任务。自然生态空间是指具有重要生态功能,以提供生态产品和生态服务为主的区域,包含包含天然形成的生态空间与人工建设的生态空间,以我国宪法第九条第一款的表述为依据,主要包含水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂等类型。对自然生态空间进行统一确权登记是指在全面调查我国所有自然生态空间的自然情况、权属情况与公共管制情况的基础上,清晰界定国家所有自然生态空间的权利边界,并由登记机关依法对与自然生态空间相关事项进行记载的过程。后国土资源部将“自然生态空间统一确权登记”更改为“自然资源统一确权登记”,尽管名称不同,其目的和指导精神却是一脉相承的。2016年5月,国土资源部制定了《自然资源统一确权登记办法(试行)征求意见稿》下发至各省市进行意见征询,自此,自然生态空间统一确权登记制度开始酝酿生成。2016年11月1日,国家主席习近平主持召开中央全面深化改革领导小组第二十九次会议,审议通过了《自然资源统一确权登记办法(试行)》,12月20日,中央七部委联合印发《自然资源统一确权登记办法(试行)》及附件《自然资源登记簿》、《自然资源统一确权登记试点方案》,标志着自然生态空间统一确权登记工作正式展开。虽然《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》、《关于加快推进生态文明建设的意见》、《生态文明体制改革总体方案》等文件对自然资源统一确权登记做出了战略部署和政策指引,《试行办法》与《试点方案》基本上搭建起了自然生态空间统一确权登记的工作框架,但远远不能满足实践中的操作需要,试点工作推进过程仍存在许多重大疑难问题亟待进行深入的理论研究。本文以国家相关政策为研究起点,首先明确了自然生态空间统一确权登记的基本概念,其次以我国自然资源权利归属、管理、利用现状为研究基础,同时研究借鉴国外自然资源确权登记制度的有益经验,综合使用文献研究、实地调研、对比分析等多种研究方法,以《试行办法》搭建的基本框架为依据,分章节层层深入研究其法理依据和内部逻辑,梳理出自然资源确权登记工作中的几个重大疑难问题并展开深度剖析和对策研究:重大疑难问题主要包括五个:历史遗留问题,登记范围存在争议,登记对象有待科学界定,登记单元缺乏划定规则,登记内容缺乏规范与标准。作者根据调查研究成果,针对五个重大疑难问题分别给出了对策建议:坚持以立法目的作为确权登记的根本准则,清晰界定登记范围,科学界定登记对象,正确划定登记单元,规范填写登记内容。最后以广州市和晋江市为例,介绍了我国较早探索自然生态空间统一确权登记制度的试点地区情况,在总结其经验与问题的基础上,分类提出了不同自然生态空间确权登记的具体方法,以期为自然资源统一确权登记工作的顺利推行提供法律与技术层面的支撑。