水生生态系统是温室气体的重要排放源。区域性差别、空间异质性和复杂破碎下垫面,给水生生态系统碳、氮排放的精确核算带来巨大挑战。本研究选取南京地区河流、水库、养殖池塘和景观水体四类水体,共13处采样点,借助漂浮静态箱法对其水—气界面的温室气体通量进行为期一年的观测,探讨了不同水体水—气界面温室气体排放通量的时空变化规律,拟厘清14种环境因子对不同水体温室气体排放的关键影响机制。最终,利用观测数据估算区域水体温室气体排放总量,以期为我国区域水体碳、氮排放估算提供数据支撑,为碳、氮模型的修正提供第一手资料,为我国实现“碳中和”提供理论支撑,研究主要结论有:（1）从时间变化来看,二氧化碳（CO2）、甲烷（CH4）和氧化亚氮（N2O）通量均在夏季最大,其中CO2和CH4通量的最小值出现在冬季,而春季的N2O通量最小,三种温室气体全年均表现为净排放。温度是同时驱动三种温室气体的关键因素,表明水生生态系统可能在气候变暖的背景下表现出更强的温室气体排放能力。（2）从水体类型来看,景观水体表现出最强的CO2和CH4排放能力,以小型景观水体最为突出,其CH4通量为6450.76±11076.10μg·m-2·h-1,约为全球水体平均排放水平的2.5倍。小型景观水体是CH4排放的热点,水体面积小、深度浅、溶解氧（DO）浓度低以及与外界无水体交换等重要影响因素是导致其高CH4排放的主要原因。养殖池塘由于高营养盐负荷水平和高硫化物浓度,有着最强的N2O排放能力。（3）本研究不同类型水体温室气体排放通量的全球增温潜势（GWP）呈现景观水体>河流>养殖池塘>水库的变化趋势。此外,根据观测数据并结合土地利用类型数据估算南京和江苏水体的温室气体年排放总量,分别达4.75×10~5 t和8.77×10~6 t CO2当量,增温效应相当于2018年江苏省CO2排放总量的0.056%和1.04%,不容小觑。