目的：对比分析不同分娩方式出生婴儿肠道菌群差异方法：2012年4月至2012年11月在解放军总医院产科纳入不同分娩方式（顺产、剖宫产）的足月正常体重新生儿，收集胎粪及出生后1周、2周、1个月、2个月、3个月、6个月和1岁时粪便标本冻存于-80oC冰箱。跟踪随访婴儿喂养、生长发育、肠道情况以及用药情况（抗生素及益生菌制剂）。提取粪便细菌基因组DNA并扩增其16S rDNA的V4区，应用Illumina Miseq PE300平台测序，分析其肠道菌群结构。结果：1.最终随访得到喂养方式为母乳和配方奶粉混合喂养、且出生后1年内均未用过抗生素及益生菌制剂的婴儿共21例，其中剖宫产婴儿15例，顺产婴儿6例；2.胎粪中丰度最高的是变形菌门和硬壁菌门，其次是放线菌门和拟杆菌门，菌群组成以类杆菌属、双歧杆菌属、梭菌属、栖粪杆菌属、链球菌属和韦荣球菌属为主；3.婴儿出生后1年内，顺产组粪便样本总体菌群多样性略高于剖宫产组；顺产组粪便样本阿克曼菌属和瘤胃球菌属相对丰度高于剖宫产组；而剖宫产组粪便样本中海杆菌属和肠球菌属相对丰度高于顺产组；此外许多菌具有组间特异性，只出现于顺产组或只出现于剖宫产组；4.在顺产和剖宫产组各有几例婴儿其不同时间的粪便样品可以通过Unweighted unifrac聚类分别各自聚合成一类。结论：胎粪中细菌种类丰富，婴儿出生前肠道菌群已开始建立；顺产婴儿肠道菌群多样性略高于剖宫产婴儿，两组婴儿肠道菌群存在差异；婴儿出生后肠道菌群不同时间点比较存在一致性。