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长链非编码RNA(Long non-coding RNAs,LncRNAs)是一大类长度超过200nt的非编码RNA,它们利用自身RNA分子参与分子间相互作用而发挥功能。这种笼统的分类方法使lncRNAs在大小、结构、功能上存在多样性和复杂性,LncRNAs主要的生物学功能涵盖了顺式/反式调控基因转录、DNA修饰、RNA剪接、蛋白质支架、蛋白质修饰、miRNA海绵等。LncRNAs广泛地与DNA、RNA和蛋白质发生着复杂多样的相互作用。胚胎发育、心血管疾病、肿瘤发生发展过程中发现不少具有重要角色的lncRNAs。目前对lncRNAs的了解仅仅是冰上一隅,鉴于此我们开展了针对lncRNAs-蛋白质互作的研究,旨在探究lncRNAs-蛋白质相互作用在肿瘤细胞中的生物学功能。
Nlp(Ninein like protein)是中心体γ-Tubulin环状复合物的重要成员,Nlp结合到γ-Tubulin定位到中心体上,参与了中心体复制、中心体成熟、微管锚定、有丝分裂纺锤体形成等众多细胞周期事件并发挥重要作用,Nlp表达的异常通常会引起中心体结构和数量的异常,导致单极或多极有丝分裂和核分裂细胞质不分裂等异常有丝分裂现象,进而造成基因组紊乱,导致细胞恶性转化。Nlp在细胞周期进程中与PLK1、NEK2、AuroraA/B、CyclinB1等细胞周期调控蛋白时序性结合保证了细胞正常复制和生长。考虑到中心体在细胞中重要作用,及对Nlp这个中心体平台蛋白是否能搭载lncRNAs这类功能多样而复杂的分子,发挥对细胞周期调控的可能性,我们进行了本课题研究工作,旨在阐释lncRNAs与中心体蛋白Nlp相互作用对细胞有丝分裂的调控作用。
我们通过NlpRIP-seq在转录组范围内鉴定Nlp蛋白结合的RNAs,发现了上千条转录本,其中被注释为lncRNAs也达数百条之多,我们挑选了34条进行qRT-PCR验证,其中显著地被Nlp富集的就有24条,我们对其中7条富集倍数高、多次鉴定结果一致的lncRNAs进行亚细胞定位和多种肿瘤细胞中表达水平检测,最终选择了CCAT1和linc00665两个Nlp结合的lncRNAs,我们进一步通过RNA-FISH联合蛋白质免疫荧光观察lncRNAs与Nlp、γ-Tubulin是否存在共定位。发现CCAT1和linc00665分别都能与Nlp和γ-Tubulin共定位。CCAT1体外RNApulldown有力地支持了CCAT1与Nlp和γ-Tubulin结合现象,RNA反义核酸纯化联合质谱鉴定证明CCAT1与Nlp是直接结合的,同时还能结合微管蛋白α-Tubulin和β-Tubulin但没有γ-Tubulin,证明CCAT1与γ-Tubulin的结合是间接的。另一方面,对于NlpRIP发现的lncRNAlinc00665,我们对其进行5和3末端RACE鉴定,发现在HeLa细胞中与Nlp结合的linc00665是一个新的转录本,它的第1、2号外显子与数据库收录的其他转录本一致。对CCAT1和linc00665的细胞学功能研究发现它们在HeLa细胞中都发挥促进细胞生长、迁移和侵袭的角色,CCAT1的过表达能帮助细胞抵抗紫杉醇对细胞的杀伤作用,另一方面导致HeLa细胞多极有丝分裂、中心体扩增细胞比例增加。
综上,本课题研究工作成功鉴定出了两个中心体蛋白Nlp结合的lncRNAsCCAT1和linc00665,它们在细胞内与中心体蛋白Nlp、γ-Tubulin相互作用,都存在一定程度的中心体定位,其中外源CCAT1过表达导致中心体过度复制、有丝分裂异常细胞比例增多现象,我们认为CCAT1和linc00665可能在一定程度上通过扰乱中心体结构和数量,破坏中心体稳态,增加有丝分裂异常,进而导致染色体不稳定、基因组不稳定,最终导致细胞生长加快、侵袭和迁移能力增强等恶性转化现象。
Nlp(Ninein like protein)是中心体γ-Tubulin环状复合物的重要成员,Nlp结合到γ-Tubulin定位到中心体上,参与了中心体复制、中心体成熟、微管锚定、有丝分裂纺锤体形成等众多细胞周期事件并发挥重要作用,Nlp表达的异常通常会引起中心体结构和数量的异常,导致单极或多极有丝分裂和核分裂细胞质不分裂等异常有丝分裂现象,进而造成基因组紊乱,导致细胞恶性转化。Nlp在细胞周期进程中与PLK1、NEK2、AuroraA/B、CyclinB1等细胞周期调控蛋白时序性结合保证了细胞正常复制和生长。考虑到中心体在细胞中重要作用,及对Nlp这个中心体平台蛋白是否能搭载lncRNAs这类功能多样而复杂的分子,发挥对细胞周期调控的可能性,我们进行了本课题研究工作,旨在阐释lncRNAs与中心体蛋白Nlp相互作用对细胞有丝分裂的调控作用。
我们通过NlpRIP-seq在转录组范围内鉴定Nlp蛋白结合的RNAs,发现了上千条转录本,其中被注释为lncRNAs也达数百条之多,我们挑选了34条进行qRT-PCR验证,其中显著地被Nlp富集的就有24条,我们对其中7条富集倍数高、多次鉴定结果一致的lncRNAs进行亚细胞定位和多种肿瘤细胞中表达水平检测,最终选择了CCAT1和linc00665两个Nlp结合的lncRNAs,我们进一步通过RNA-FISH联合蛋白质免疫荧光观察lncRNAs与Nlp、γ-Tubulin是否存在共定位。发现CCAT1和linc00665分别都能与Nlp和γ-Tubulin共定位。CCAT1体外RNApulldown有力地支持了CCAT1与Nlp和γ-Tubulin结合现象,RNA反义核酸纯化联合质谱鉴定证明CCAT1与Nlp是直接结合的,同时还能结合微管蛋白α-Tubulin和β-Tubulin但没有γ-Tubulin,证明CCAT1与γ-Tubulin的结合是间接的。另一方面,对于NlpRIP发现的lncRNAlinc00665,我们对其进行5和3末端RACE鉴定,发现在HeLa细胞中与Nlp结合的linc00665是一个新的转录本,它的第1、2号外显子与数据库收录的其他转录本一致。对CCAT1和linc00665的细胞学功能研究发现它们在HeLa细胞中都发挥促进细胞生长、迁移和侵袭的角色,CCAT1的过表达能帮助细胞抵抗紫杉醇对细胞的杀伤作用,另一方面导致HeLa细胞多极有丝分裂、中心体扩增细胞比例增加。
综上,本课题研究工作成功鉴定出了两个中心体蛋白Nlp结合的lncRNAsCCAT1和linc00665,它们在细胞内与中心体蛋白Nlp、γ-Tubulin相互作用,都存在一定程度的中心体定位,其中外源CCAT1过表达导致中心体过度复制、有丝分裂异常细胞比例增多现象,我们认为CCAT1和linc00665可能在一定程度上通过扰乱中心体结构和数量,破坏中心体稳态,增加有丝分裂异常,进而导致染色体不稳定、基因组不稳定,最终导致细胞生长加快、侵袭和迁移能力增强等恶性转化现象。