随着我国自主创新战略和创新型国家建设目标的确立,产学研合作创新日益成为政府、高校、科研机构和企业所关注的热点问题。但是,目前我国产学研合作不能适应新形势的需要,创新绩效偏低,远低于发达的国家和地区。因此,加强对产学研合作创新机理的研究具有重要的理论和实践意义。传统的产学研合作理论未能说明高校(或科研单位)和企业两类异质组织如何有效进行合作创新,也未能深刻揭示高校(或科研机构)和企业在合作过程中的互动关系。因此,本论文在广泛收集国内外产学研合作创新相关文献的基础上,提出了产学研耦合—互动创新概念。通过理论分析、调查研究和实证分析等方法,对产学研耦合—互动创新机理进行了较为系统的研究,丰富与发展了产学研合作创新理论,同时为提升产学研合作创新绩效提出了有效途径。研究内容和结论主要体现在以下几个方面：第一,产学研耦合—互动创新概念的界定和合作动力的研究。高校(或科研机构)和企业之间的耦合—互动是合作创新的基础,耦合体现为各合作方的创新系统(物理系统、知识基础、管理系统和文化价值)互补和兼容。互动体现为各合作方为完成任务目标而发生的交互作用,强调行为和过程。企业发展的原动力、高校(或科研机构)发展的原动力、企业科研人员发展的能动力、高校(或科研机构)科研人员发展的能动力是产学研耦合—互动创新的内部动力。竞争压力和政府动力是产学研耦合—互动创新的外部动力。各动力主体对其各自的目标、行为和动力系统影响方面都有着显著的差异。各动力和交互作用力共同推动高校(或科研机构)和企业进行耦合—互动创新。第二,基于耦合—互动视角的产学研合作模式和合作过程的研究。本研究将产学研合作模式划分为高、中、低三种耦合—互动型,它们具有不同的功能,适于不同的目标、合作对象,都是比较有效的产学研合作模式。论证了三种模式存在“低耦合—互动型→中耦合—互动型→高耦合—互动型”的演进关系,且创新绩效依次升高。本研究将产学研合作创新过程划分为组建期、整合期、执行期、交付期和评估期等五个阶段。由于各阶段的特征和目标任务是不同的,合作方之间的互动在深度与广度也有所不同且各具特点。第三,基于知识视角的产学研耦合—互动创新机理的研究。知识基础拓展必须通过合作方之间的互动来实现,高校(或科研机构)和企业在耦合—互动的过程中实现了知识的获取、共享、创造和扩散。通过建立知识基础拓展模型,分析得到：耦合兼容度越大,互动强度越高,那么在一定时间内的知识创新值也就越大。以知识为视角,建立了产学研耦合—互动创新模型,分析了耦合—互动创新机理。在互动过程中,物理系统耦合、知识基础耦合、管理系统耦合和文化价值耦合的共同作用,实现了知识的创新。并且知识创新的绩效很大程度上取决于管理系统耦合和文化价值耦合。第四,产学研耦合—互动对创新绩效影响的实证研究。产学研创新系统耦合对创新绩效有重要影响,它首先影响创新过程中的互动行为,通过互动行为最终影响创新绩效。无论是学习成长绩效还是创新任务绩效,创新系统各要素对其间接影响由大到小依次为：管理系统耦合、文化价值耦合、知识基础耦合、物理系统耦合。研究结果还形成了创新系统耦合、互动行为和创新绩效经过信效度检验的量表。第五,产学研耦合—互动管理机制的研究。作为合作机制重要内容之一的合作伙伴的选择可以通过耦合和互动两个视角进行。产学研耦合—互动创新过程管理机制需要重点关注互动过程的评价、不同发展阶段互动的控制和互动过程的知识管理等问题。加强产学研风险控制,需要树立风险意识、构建风险管理制度、建立科学评价决策机制、建立顺畅的沟通渠道、建立有效的风险承担策略、建立健全产学研相关的政策体系。利益分配应遵循：收益和物质性投入一致性原则、收益与创新性投入一致性的原则、风险分担原则和结构利益最优原则。加强文化建设,应增强互信、加强融合、宽容失败。本文的创新之处主要表现在以下三点：(1)在严格界定耦合—互动概念基础上,构建了产学研耦合—互动创新分析思路,是对产学研合作主体间关系理论研究的一种新尝试；(2)揭示了基于知识视角的产学研耦合—互动创新机理,是对跨组织边界知识创新机理和模型研究的一种新探索；(3)实证了产学研耦合—互动对创新绩效的影响,是产学研创新绩效与影响因素之间关系研究的一种新思路,同时提出了基于耦合—互动创新理论的具有实用价值的产学研管理机制。