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我国新疆塔里木河流域是迄今为止地球上分布最集中、保存最完整,最具代表性的原始胡杨林。本研究从新疆天然胡杨林根际地表层和地表下层土壤样品中分离获得144个菌株,对其中119株的表型、生理生化特性和16S rRNA基因序列分析,其结果表明地表层样品与地表下层样品中微生物种群组成有较大的差别,地表层样品中的微生物主要包括栖热-奇球菌门(56.5%),放线菌门(26.1%)和变形菌门(17.4%)；地表下层样品中的优势种群为厚壁菌门(45.6%),放线菌门(27.8%),变形菌门(11.4%)和拟杆菌门(7.6%),地表层土壤样品中细菌丰富度较低,主要为耐干旱、寡营养和耐辐射等抗逆性强的细菌,而地表下土壤样品中的细菌显示出更高的丰富度。分离菌株中有26株的16S rRNA基因序列与已有细菌的相似性小于97%,可能是潜在的新分类单元。对2株同源性低于97%的分离株进行多相分类学研究。菌株7-15T分离自胡杨林根际地表下层土壤样品,其在0.3×MA培养基的菌落形态为圆形、凸起,粉红色,表面湿润,边缘整齐；该菌株好氧,细胞形态为杆状,无鞭毛,不能运动,革兰氏阴性；全细胞脂肪酸的主要成分为iso-C15:0(16.49%),iso-C17:03-OH (10.96%),C16:0(9.11%),C18:0(7.87%)和Summed feature 4(anteiso-C17:1B and/or iso-C17:1I,18.46%);基因组G+C mol%含量为44.9%；主要醌型为MK-7；主要的极性脂成分有二磷脂酰甘油(DPG),磷脂酰甘油(PG),磷脂酰乙醇胺(PE)以及两个未知的磷脂和三个未知的糖脂。此外,根据16S rRNA基因序列构建的系统发育树可知,该菌株与Pontibacter属聚于一簇,与已知种模式菌株的相似性为90.8-95.0%。基于表型、生理生化特性以及系统发育树结果可知菌株7-15T是Pontibacter属的一个新种,根据其分离地点将该菌株命名为Pontibacter populi,模式菌株为菌株7-15T(=CCTCC AB 206239T=NRRL B-59488T)。菌株7-26T同样分离自胡杨林根际地表下层土壤样品,其在0.3×MA培养基的菌落形态为圆形、凸起,粉红色,表面湿润,边缘整齐；该菌株好氧,细胞形态为杆状,无鞭毛,不能运动,革兰氏阴性；全细胞脂肪酸的主要成分为iso-C15: 0(15.90%),iso-C17:03-OH(9.45%),C16:0(4.82%),C18:0(2.84%),iso-C16:0(6.09%), C17:1ω6c(5.29%),Summed Feature 4(anteiso-C17:1B and/or iso-C17:1I,21.04%).;基因组G+C mol%含量为43.8%；主要醌型为MK-7；主要的极性脂成分有二磷脂酰甘油(DPG),磷脂酰甘油(PG),磷脂酰乙醇胺(PE)以及五个未知的磷脂和三个未知的糖脂。根据16S rRNA基因序列构建的系统发育树的结果表明,该菌株与Pontibacter属聚于一簇,且与菌株7-15 T为两个不同的种,它们分处2个不同的分枝,与已知种的模式菌株相似性为93.9-96.4%。因此,有理由认为菌株7-26T是Pontibacter属的另一个新种,将其命名为Pontibacter soil,模式菌株为菌株7-26T(=CCTCC AB 206240T=NRRL B-59489T)。本研究获得的一批菌株为进一步认识塔里木天然胡杨林自然保护区的微生物多样性以及利用与开发这些有益细菌资源奠定基础,2个新物种的确认也丰富了原核生物物种的多样性。