世纪之交的中国高等教育经过三年跨越式发展，就以世界上绝无仅有的速度和方式实现了由精英教育向大众化教育的过渡。在市场经济环境下，为规范高等学校财务行为，强化财务管理，提高办学经费使用效益，进一步推进高校内部管理体制改革，按照现代大学制度的要求建立高校法人治理结构，完善高校财务治理体系已越来越受到政府、社会和高等学校自身的重视。在相关理论综述的基础上，本文分析并指出需要进一步研究的问题，从而得出本文研究的理论意义和实践价值；然后从委托代理理论和新公共管理理论的角度，对公立高校财务治理的理论基础进行了阐述，并在此基础上对公立高校财务治理的相关概念进行了界定，明确了公立高校财务治理的主体、客体、目标以及财权配置这一核心。随后根据高校财务治理效率评价指标体系建立的原则，以已有的财务评价指标等为依托，设计了一套有望可以比较完善的反映高校财务治理水平的评价指标体系，为高校财务治理的研究提供了新的视角。接着，引入层次分析法，解决了定量难的问题，确定了准则层、指标层的权重值，并进一步确定了评级体系评分区间。结合案例分析，阐述评价指标体系的具体应用方法和可行性。最后，本文就建立和完善我国公立高校财务治理体系、提高财务治理水平提出若干政策建议。