野猪(Sus scrofa)属偶蹄目(Artiodactyla)猪科(Suidae)猪属,起源于东南亚,是有蹄类动物中分布范围最广的种类,对于生物多样性维持具有重要意义。历史气候事件,尤其是末次盛冰期的气候动荡对欧洲地区野猪的遗传结构产生了深远的影响。目前,对东亚地区野猪系统地理格局的研究还比较少,其形成机理还不清楚。本研究中,以东亚地区309头野猪为研究对象,基于5个核基因位点的遗传变异,来探究东亚野猪的遗传多样性、遗传分化和种群间基因流等。1、核基因的分析表明,东亚地区野猪的具有较高的单倍型多样性(0.99 ±0.01),核苷酸多样性(0.004±0.002)较低。南岭、秦岭、大巴山和长江中下游地区(皖南、大别山、幕府)的野猪种群的遗传多样性相对较高,海南岛和川西地区野猪种群遗传多样性较低,而太行山区和东北地区的野猪种群的遗传多样性最低。东亚野猪南方种群的遗传多样性相对要高于北方,在冰期东亚南部的这些地区可能为冰期避难所,冰期后野猪种群向北发生了种群的扩张。2、东亚野猪各地方种群间的Fst值在0.000至0.500之间,平均值为0.038。东亚野猪各种群间的遗传分化较弱。秦岭种群与东北种群及川西种群之间遗传分化不显著,和其他种群之间遗传分化显著。基于核基因单倍型构建的贝叶斯系统发生树以及贝叶斯聚类分析,均表明东亚地区野猪没有形成显著的系统地理分布格局。3、基于核基因的基因流分析表明,东亚地方种群之间基因流均较大(双向Nfem>480)。位于长江中下游地区的野猪种群,尽管彼此间有长江的阻隔,但种群间有很强的基因流,长江水体的天然阻隔并未对野猪种群的扩张和迁移形成屏障。东亚野猪具有的较强扩散能力和环境适应能力,形成了种群间较强的基因流,削弱了东亚野猪种群的遗传分化。