抗战爆发后，日本侵略者抓紧控制沦陷区的各项事业，教育是其中受控最严厉，也是改造最彻底的一项。日本侵略者从制度到措施层层控制华北地区的中小学教育，北平作为前政治文化中心首当其冲。教会学校因出众的教学实力和现代化程度在当时中小学教育中的地位举足轻重影响力甚广，是日方意图着力控制的对象，却惮于其背后的欧美背景无法任意揉捏。随着战争的发展和国际形势的变化，教会学校的境遇也随之发生改变。日英美开战后，失去外交庇护和治外法权保护的教会学校境遇泥沙俱下，英美系教会学校几遭灭顶之灾，幸存者也受到日方更严密的监视。　　各教会学校因所属教会的不同国籍背景在抗战中的境遇大相径庭。日伪当局根据本国的外交关系对四类教会学校区分对待，且随局势变化而变化。尽管具体命运不同，但日方的意志在所有教会学校的发展历程中都有所标记。　　教会学校日常教学管理活动受到日方的严格管控。由于战时师生经济状况的恶化和教会补给经费的中断，很多教会学校不得不缩减规模或停办。组织结构基本维持原样，不再允许外国人担任校董事会董事长，但外籍教员的任用依然正常，教职员人事调动频繁，日籍教员与华籍教员待遇大不相同。相较于公立学校，日方对教会学校起初虽维系着表面上的和平，但仍通过命令重新立案、派遣日籍教师、监控教会学校师生活动等形式加强了监管和控制。教会学校师生的生存环境可谓举步维艰。为生存计，沦陷区内的教会学校都对日方做出了一定的妥协和让步。　　作为日伪传播奴化思想输出侵略意识形态的重要“阵地”，除接受日方更改学校课程、编订教科书及强行推广日语教育等强硬做法，教会学校还需依令参加各项文化、体育活动，包括各类“兴亚”相关主题的运动周与演讲会、各类“运动”或地方沦陷的“庆祝纪念”活动等。珍珠港事变后，英美系教会学校直接被全数关停，德法意等天主教会学校虽幸免但却面临着严格的监管和控制。一些学校如辅仁大学附中，师生虽有抗争意识，但在经过关停等严厉措施后也不得不妥协。　　抗战前参与过反日活动的竞存中学在“洗清”排日渊源后并未受到日伪当局的特殊对待，但校方在与当局的互动中明显更为谨慎。学校的生存状态受战争和政治环境的影响非常明显，并表现出对政局时局变化较强的调适性。