21世纪知识经济时代的到来，知识作为重要的生产要素，离不开技术创新，而技术创新的繁荣与发展又需要专利的有力保护，二者的相互促进，构成互动性机制。医药产业是世界公认的技术创新成果对专利保护依赖最高的行业之一，专利既是技术创新的成果，又是对创新成果的保护。拥有了自主知识产权的专利药品，才可以在市场中占有更为主动的地位，更快地缩短与行业领军企业的距离。因此，对一个国家医药产业整体的发展水平而言，技术创新和专利互动机制的作用非常重要。　　文章首先从理论上对技术创新内涵、知识产权内涵、医药产业进行了界定与分类，然后基于此给出医药技术创新与医药专利的概念，并分析了医药技术创新的内在动力和外在动因、医药技术创新特征和过程及医药产业与知识产权(专利)联系的必要性，为后续研究奠定理论基础。在理论构建中，分别从历史演化视角和马克思辩证主义角度对技术创新与专利制度的关系进行深入论证，并以此探讨医药技术创新与专利间的互动机理--具体的说，是从专利的本质特性入手分析其对技术创新成果和传播产生的影响，得出专利制度对技术创新作用的逻辑模式；从技术创新活动的具体运作阶段剖析专利的产生和保护问题，得出技术创新对专利作用的逻辑模式；进而总结出医药技术创新活动与专利保护互动关系的逻辑分析模式。即从知识(在文中具体表现为创新药)的产生与市场化过程的角度解释医药技术创新和专利互动机理及发展过程。在实证论证中，首先对我国医药技术创新与专利保护状况进行分析，找出医药技术创新中专利机制存在的问题，并对其产生原因进行分析，结合和谐管理理论构建两者和谐互动关系；其次运用计量经济学方法对我国医药企业技术创新与专利保护的关系进行实证，得出医药技术创新与专利保护间的和谐互动是一个系统的工程，需要各创新主体的共同参与达到外部环境和内部体制的配合才能产生预期的创新效果。