龙眼（Dimocarpus longan Lour.）是无患子科（Sapindaceae）龙眼属（Dimocarpus Lour）常绿果树。虽然品种（系）众多,但主栽龙眼品种果皮通常呈现黄褐色或者黄灰色,有少量青皮品种。相对单一的色泽,限制了果实生物学特性的多样性和市场潜力。项目组前期从国外引进了红皮龙眼资源（RP01）,果皮、叶片和茎段都呈现红色（图3,16）,打破了传统龙眼不能积累花色苷的认识,更重要的是为龙眼新品种创制提供了宝贵的亲本材料。本研究以‘RP01’和主栽品种‘石硖’为试材,利用代谢组和转录组联合分析的手段对红皮龙眼的着色机制进行解析,并辅助高效液相色谱（HPLC）和q RT-PCR等技术对相关结果进行验证。主要研究结果如下:（1）利用HPLC技术对‘RP01’和‘石硖’果皮中六大类花青苷组分进行检测,结果发现:在‘RP01’果皮中检测到矢车菊素3-O-葡萄糖苷（Cyanidin 3-O-glucoside）,含量达到3.09mg/g FW,‘石硖’果皮中六大类花青苷均未检测到;‘RP01’果核、叶片和茎段中均检测出矢车菊素3-O-葡萄糖苷,其中果皮含量最高,其他依次为果核、叶片、茎段。（2）利用液质联用（LC-MS）对‘RP01’和‘石硖’果皮中代谢组分进行分析,在两个品种果皮中共鉴定出597种代谢组分;两个品种间差异代谢物共有110种,其中33种代谢物仅在‘RP01’果皮（RPP）中存在,主要为类黄酮类物质;23种代谢组分特异存在于‘石硖’果皮（SXP）中,主要为酚酸类物质。（3）LC-MS结果中:代谢物中包含5种花青苷类物质,其中差异代谢物中筛选出两种花青苷类物质,分别为矢车菊素3-O-葡萄糖苷（Cyanidin 3-O-glucoside）、矢车菊素O-丁香酸（Cyanidin O-syringic acid）,这两种矢车菊素类花青苷都仅存在于红皮龙眼中。因此,‘RP01’果皮呈现红色主要由于矢车菊素3-O-葡萄糖苷的积累。（4）利用转录组手段对‘RP01’和‘石硖’果皮中转录水平差异分析,通过对花青素生物合成途径相关基因分析发现,共鉴定差异结构基因39个,F3’H、F3’5’H、UFGT和GST等在‘RP01’显著上调;在MBW复合体中,MYB和b HLH等关键转录因子也显著上调。这些基因可能在‘RP01’果皮花色苷积累过程中起重要作用。（5）研究对‘RP01’和‘石硖’果实发育过程中花青苷含量变化和基因表达特征进行分析。花青苷含量分析结果发现:‘RP01’果皮中矢车菊素3-O-葡萄糖苷随着果实生长含量逐渐增加,在成熟时达到最高,在‘石硖’果实发育的各个阶段均未检测出花青苷。q RT-PCR验证结果表明:F3’H（Dlo＿031828.1）、F3’5’H（Dlo＿005520.1）、UFGT（Dlo＿005874.1）和GST（Dlo＿019180.1）等结构基因与及MYB（Dlo＿025000.1）与b HLH（Dlo＿016888.1）等转录因子表达特征与花青苷含量变化规律一致。表明这些基因可能直接参与了红皮龙眼花青苷的合成与调控。