【摘 要】
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马铃薯普通栽培种（Solanum tuberosum L.）遍布于世界2/3的国家和地区,是重要的粮食作物。我国是马铃薯第一大生产国,年种植面积在8000万亩左右,总产量排名第4,仅次于玉米、水稻和小麦。目前生产上应用的品种均为育种者以引进种质通过常规杂交育种、经3～4轮的定向改良育成,马铃薯遗传背景狭窄问题凸显。本研究以251份马铃薯种质为关联群体,经全基因组重测序,SNP为分子标记,结合2年8
【基金项目】
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国家马铃薯产业技术体系（CARS-09-ES03）； 内蒙古自治区科技创新引导项目（KCBJ2018057）； 内蒙古农牧业科技创新基金项目（2018CXJJN01）； 内蒙古农牧业科学院青年创新基金项目（2019QNJJ06）；
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马铃薯普通栽培种（Solanum tuberosum L.）遍布于世界2/3的国家和地区,是重要的粮食作物。我国是马铃薯第一大生产国,年种植面积在8000万亩左右,总产量排名第4,仅次于玉米、水稻和小麦。目前生产上应用的品种均为育种者以引进种质通过常规杂交育种、经3～4轮的定向改良育成,马铃薯遗传背景狭窄问题凸显。本研究以251份马铃薯种质为关联群体,经全基因组重测序,SNP为分子标记,结合2年8个环境下的表型数据,通过全基因组关联分析获得马铃薯种质主要农艺性状及淀粉含量相关的显著SNP位点和候选基因,并在GO、KEGG、Swiss-port、NR数据库进行基因功能注释,为马铃薯种质资源利用和优良品种创制提供借鉴。主要研究结果如下:1.对251份马铃薯种质进行重测序获得3.15Tb有效数据,平均每个样本为12.56G,GC含量平均为35.80%,与参考基因组的平均比对率95.67%,平均测序深度为15.26X,平均覆盖度为95.60%。过滤筛选后获得1,209,969个高质量SNP位点,分布于239个scaffold上。2.群体结构分析148（系谱明确）份材料分为6个群组,Q值>0.6的品种有36个,占比24.3%;聚类分析148份马铃薯品种被划分为3个类群,6个亚群,部分马铃薯品种间亲缘关系具有一定的地理区域性,但并非必然关系;品种间遗传相似系数在0.784～0.958之间,平均为0.842。3.主茎数共关联到7个SNP位点,分别scaffold NW＿006238930.1pos3430854/1943447、NW＿006239327.1pos228762、NW＿006239326.1pos207474、NW＿006238928.1pos703333、NW＿006239127.1pos392935、NW＿006239128.1pos337669,获得19个候选基因;单株块茎数关联到13个SNP位点为NW＿006238927.1pos 4457420/4492499、NW＿006238928.1pos570084、NW＿006239132.1pos434606、NW＿006239332.1pos391731、NW＿006239532.1pos36992、NW＿006239127.1pos1048350、NW＿006238927.1pos2321173、NW＿006238934.1pos3948491、NW＿006239133.1pos82 1510、NW＿006238927.1pos3645899、NW＿006239132.1pos415937、NW＿006239128.1 pos981618,获得29个候选基因。4.块茎性状共关联到23个SNP位点,其中皮色5个位点为scaffold NW＿006239526.1pos206766/144604、NW＿006238934.1pos83435/931481/458160,获得9个候选基因;肉色2个SNP位点为NW＿006239330.1pos358708/336304,获得10个候选基因;芽眼多少8个SNP位点为NW＿006238934.1pos868386/947615/1198187/3435390、NW＿006239133.1pos821510、NW＿006239526.1pos147024、NW＿00623 8934.1pos8134 81/834358,获得13个候选基因;芽眼深浅6个SNP位点为NW＿006238934.1pos3144590/9301/88731/947615/3708437、NW＿006239526.1pos144821,获得9个候选基因;表皮光滑度2个SNP位点为NW＿006238927.1pos2800459、NW＿006239128.1pos1000076,获得6个候选基因。5.淀粉含量关联到5个SNP位点,分别为Scaffold NW＿006238930.1pos73045/314345、NW＿006238928.1pos1028427、NW＿006238934.1pos1558500、NW＿006238932.1pos2306479,获得20个候选基因。
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