基于基因表达谱的小圆蓝细胞瘤亚型识别研究

来源 :北京工业大学 | 被引量 : 2次 | 上传用户:jonsh123
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
基于基因表达谱,在分子水平上对肿瘤进行分析和研究,是当前生物信息学研究的重要课题。本文针对肿瘤鉴别问题,以小圆蓝细胞瘤(SRBCT)为研究对象,从系统科学和信息科学的角度,采用人工智能和计算机技术,就小圆蓝细胞瘤的特征基因选取问题和亚型识别问题,基于基因表达数据进行了研究,取得如下研究成果: 第一,针对SRBCT 分类信息的度量指标的研究本文提出了用于SRBCT 特征基因选取的类加权Bhattacharyya 距离指标。在修正信噪比指标的基础上,以体现贝叶斯分类错误率的Bhattacharyya 距离衡量基因包含的分类信息。考虑到SRBCT 具有四个亚型,以各类样本占总样本的比例为加权系数,对四个类别的Bhattacharyya 距离加权求和,以此作为基因排序和选择的标准。用两种指标选取基因在不同分类模型上进行亚型识别实验,结果表明,用本文提出的指标选取的基因包含更多的分类信息。第二,针对SRBCT 亚型预测模型的研究本文建立了三种亚型预测模型,首次将多类支持向量机(MSVM)应用到SRBCT亚型识别问题上。分别建立了三层BP 网络模型,基于BSVM 的多模模型和MSVM模型。通过比较不同特征基因集合在三种模型上的分类准确率,确定了一个25个基因的特征集合,基于这个集合利用MSVM 可取得100%的预测准确率。对这三种模型分类性能的对比研究的结果表明,MSVM 优于其它两种方法,是解决SRBCT亚型识别问题的有效工具。第三,针对SRBCT 特征基因集合中冗余基因排除方法的研究本文提出了一种基于Pearson 相关系数的“两两冗余”排除法。该方法考虑到某些基因之间存在着相关性,去掉SRBCT 特征基因集合中分类信息指标较大基因的相关基因,得到15 个特征基因。基于这15 个特征基因本文构建了一个4 聚类SOM 聚类模型,对所有SRBCT 样本进行聚类,聚类正确率达到100%。与文献[5]报道的结果比较,Khan 采用主元分析法和人工神经网络建立的预测模型需要96 个基因,而本文基于MSVM 的预测模型只需15 个特征基因就可取得100%的预测准确率,表明了本文方法的有效性。本文的研究得到了国家自然科学基金的支持,已发表相关论文4 篇, 1 篇发表在《计算机应用》上,2 篇发表在《计算机工程与应用》上,1 篇发表在《Proceedings of the Third International Conference on Machine Learning and Cybernetics, 2004》(EI 收录)。本文的研究有助于肿瘤与基因关系的理解,有助于肿瘤特征
其他文献
为探究中华绒螯蟹(Eriocheie sinensis)肝胰腺坏死综合征(HPNS)的病因,利用PCR-DGGE技术分析了健康蟹、肝胰腺坏死综合征病蟹、传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)感染蟹、
甘蒙锦鸡儿甘蒙锦鸡儿(CaraganaopulensKom.),俗称猫儿刺,豆科锦鸡儿属,自然分布于青海、内蒙古、山西、陕西、甘肃、四川等省,是一种抗干旱、耐瘠薄的绿化荒山优良先锋灌木。一、形态特征及生态学特性
目的:为研究治疗痛风加味四妙丸的质量标准及药效物质基础,对该处方中有机酸部位进行总量测定及分离纯化研究。方法:建立电位滴定法测定加味四妙丸中有机酸含量。比较用强碱
随着天津港大沽口港区和南疆港区南侧岸线码头的快速建设,进出港船舶数量将不断增加,届时大沽沙航道通过能力将一定程度上限制港区吞吐量的增长。文章利用Rockwell Arena仿真
随着现代可调激光、快离子束、离子阱等技术的发展,人们已经可以获得高分辨率的原子光谱,这使得实验和理论可以做有意义的比较。而理论上由于计算机性能的提高和原子结构理论
随着国内经济快速增长和居民生活水平日益提高,个人机动车保有量也不断增加。随之而来的城市交通环境压力也是不容忽视。特别是近几年,温州瓯海人行道违法停车问题愈加严重。人行道违停具有很大的社会危害性,不仅影响市容市貌、给居民生活带来不便,且极易引发交通事故和各类不必要的社会冲突,还在一定程度上破坏了城市动静态交通平衡。为此,本文以人行道违停管理为研究主题,通过采用文献归纳法、调查研究法、回归分析法等研究
住房价格及住房价格指数是反映住房市场状况的最重要的指标之一,真实、准确、及时地把握住房价格的变化趋势,是房地产市场监测、分析和研究的重要基础。由于住房是一种非常典
<正> 第五代留学人员最显著的特点就是,在中国市场经济发展起来以前,很多留学人员不是从政就是做学术;现在也有很多留学人员参与了商务,成为新华商。这种现象,改变了以前的留
<正>2015下半年以来,国内直播行业进入快速发展的阶段,巨额资本加持直播行业,从360的花椒直播、王思聪的熊猫TV,再到百度、阿里巴巴、小米的纷纷入局,国内资本市场投资进入密
在信息快速发展的时代,供应链模式已经不能满足企业的需要,供应商管理库存(Vender Managed Inventory,VMI)应运而生。它作为一种目前国际上前沿的供应链库存管理模式对整个供