为了加强对高校科研费用的管理，我国教育部、财政部于2005年发布了《教育部财政部关于进一步加强高校科研经费管理的若干意见》，高校科研经费管理日益受到重视。近年来，高校科研人员通过劳务费、福利费等不正当手段占用高额科研经费的现象被屡屡曝光，如何加强高校科研经费管理成为人们关注的焦点和热点问题。本文的研究，旨在构建一套具有操作性的高校科研经费绩效审计评价的指标体系，以评价高校科研经费的安全性、经济性、效率性和效果性。安全性评价指标主要用于评价高校科研经费是否确确实实用在科研项目上，是否科学、合理；经济性评价指标主要用于评价高校科研经费是否最优化配置，以最合理的科研经费完成科研成果；效率性评价指标主要用于评价高校科研资金（固定资产）的周转率或者科研项目的进度是否达到预期的编制；效果性评价指标主要用于评价高校科研经费是否体现其价值，科研项目是否达到科研立项时预定的科研价值。本文的主要贡献在于选题直击目前科研经费“黑洞”，初次尝试构建高校科研经费绩效审计评价指标体系。研究角度主要借鉴政府“3E”绩效审计,并将“3E”绩效审计从理论延伸至实践应用。同时，本文根据科研经费的实际特点增加了“安全性”指标的构建。在模糊综合评价法、聚类分析法、主成分分析法、层次分析法等众多分析法中，笔者选择模糊综合分析法。在撰写的过程中采用理论结合实证的方法，同时穿插数理统计和借鉴平衡积分卡等方法