我国的“十二五”战略规划明确提出构建科技创新型国家，提高自身创新能力、提高我国的科技竞争力和在重点领域掌握其核心科技，带动我国经济发展模式和产业结构的转型。高等院校作为我国科技创新能力体系的重要构成部分，其科研效率水平关系到我国科技自主创新能力，也是我国经济结构转型的重要因素。因此，对我国高校科研投入产出效率的研究成为一个重要的课题。本文以我国各地区高等院校的科研效率为研究对象，构建我国地区高等院校科研投入产出评价指标体系，对我国各地区高校的科研投入产出效率进行客观的评价，研究成果和结论丰富了我国高校科研效率研究的内容，对于提升高校科研效率，统筹我国各地区高校的科研资源，优化我国各地区高校科研投入资源的配置，监督指导我国高校科研投入产出的内在活动具有重要意义。　　本文一共分成五个章节，第一章介绍了选题的背景和意义，并对国内外研究现状进行综述并予以总结和评价。第二章对高校科研效率评估的理论基础进行系统的介绍，并结合我国各地区高校科研投入产出的自身特点、高校科研效率评价的研究成果和DEA方法体系构建原则，构建高校科研投入产出效率的评估指标体系。第三章和第四章是本文的主要内容，首先运用传统DEA模型和Super-SBM模型对我国各地区高校的科研投入产出效率进行测度；其次选取京津两地高校为案例研究对象，运用CCR、BCC和Super-SBM方法对两地高校科研效率的有效性进行测算，并采用投影分析对各地区高校科研的投入和产出问题进行了深入剖析。最后在第五章中针对各地区高校科研活动存在的问题分别提出优化科研效率的对策建议。