在水稻各种生产方式中,直播技术由于具有轻型、高效、节水、省工的优点,正逐渐成为我国水稻轻简高效栽培的理想方式。然而,由于水直播导致的全苗壮苗问题严重影响直播稻产量表现,首要因素就在于直播稻种子萌发时在淹水条件下,处于低氧胁迫环境,不利于直播稻成苗。因此,挖掘具有良好的耐低氧萌发特性的水稻种质具有重要意义。本研究采用234份水稻种质,测量正常条件以及低氧条件的种子活力表型,分析种子耐低氧萌发性状间的相关性;模拟田间浅水层进行耐淹成苗实验,筛选出一批高活力、耐低氧的水稻种质;利用8份直播能力存在差异的材料,考察全生育期农艺性状,分析直播稻的农艺性状以及产量特点;利用简化基因组测序,对耐淹成苗性状进行全基因组关联分析,挖掘潜在的候选基因。主要研究结果如下:1、利用234份种质材料,在正常条件下测量发芽率、发芽势、发芽指数、活力指数、芽长、根长、鲜重以及干重等表型,在低氧条件下测量芽鞘长度、芽鞘直径、芽长、根长、鲜重和干重表型,耐淹成苗实验测量成苗率、苗长、根长、鲜重和干重,并计算秧苗素质指数,通过以上表型性状筛选出一批高活力、耐低氧的种质材料,如“大粒红糯”、“DAYAKON”、“矮脚南特”和“内6优7028”等。2、以实验室正常条件和低氧条件测得的种子活力表型为自变量,以田间秧苗成苗率和秧苗素质指数为因变量,进行相关分析以及多元逐步回归分析,得到成苗率与发芽率、发芽指数以及芽鞘长度极显著相关,并得到秧苗素质指数的回归方程,以此实现通过实验室指标预测田间直播成苗状况。3、对不同密度的直播稻与移栽稻农艺性状和产量特点进行对比,得出直播稻株高更高、根系更为发达、营养生长更旺盛、根系分布浅、分蘖数多、分蘖发生早、分蘖位点低、成穗率低、穗型小、单穗重量小、单穗粒数少、抽穗早、干物质积累量低、SPAD值低等特点。对直播稻和移栽稻的产量进行相关分析、回归分析和通径分析后发现,穗数和单穗重量是影响直播稻产量的最主要原因,增加直播稻成穗率以及选用大穗型品种是提高直播稻产量的关键。4、对与耐淹成苗密切相关的活力指数、芽鞘长、耐淹苗干重等性状进行全基因组关联分析,共鉴定出37个显著关联的位点,筛选出8个与活力指数相关的候选基因,8个与芽鞘长度相关的候选基因,9个与耐淹苗干重相关的候选基因。综上所述,本研究筛选出了一批高活力、耐低氧的水稻种质资源,并挖掘出与直播稻耐淹成苗性状相关的候选基因,为直播稻的研究提供了一定的理论和材料基础。