本文主要研究金融结构对自主创新的影响。2015年中央作出了加强供给侧结构性改革的战略部署,并将创新明确为我国“十三五”时期发展的五大理念之一。资本和创新是推进供给侧结构性改革中潜力巨大的两个要素,而资本同时又是创新的重要供给侧要素。通过资本要素方面的改革去推动创新要素的改革,必将发挥更大的杠杆效应,从而促进我国的供给侧结构性改革加快推进并取得更好的实效。在这个大背景下,将资本和创新两个供给侧的要素结合起来,通过理论模型和实证分析来检验金融结构对国家(地区)自主创新能力的影响,对加快推进我国的供给侧结构性改革具有重要的理论和实践指导意义。本文首先从微观经济学的角度建立了一个创新型企业如何选择债务融资或者股权融资的方式为创新项目融资并最终实现项目收益的微观经济学理论模型,来分析不同金融结构对自主创新的影响机理。理论模型分析结果表明,由于风险和收益分担机制显著不同,股权融资和债务融资方式分别有利于不同类型创新项目融资,因而均能对自主创新能力产生显著影响,但对自主创新的影响可能存在差异。其中:股权融资的方式主要适用于能够产生合理利润的创新项目;债务融资的方式主要适用于低风险创新项目,或者能够产生超额利润的创新项目。在理论模型分析的基础上,本文以全球99个主要国家(地区)1989-2012年期间专利申请量、金融结构及其他相关变量的面板数据为研究样本,实证检验了金融结构对国家(地区)自主创新能力的影响,主要结论如下:(一)总体上来看,股票市场和信贷市场的发展,均能显著地促进本国(地区)自主创新能力的提升,且二者对本国(地区)自主创新能力提升的促进作用并无显著的差异。与此同时,历史上的资本积累也能显著促进当期国家(地区)自主创新能力的提升,表明资本积累对自主创新能力提升的促进作用存在“延时效应”。(二)在自主创新能力已经相对较强的国家(地区),信贷市场相对股票市场发展来说在促进国家(地区)自主创新能力提升方面的作用更加显著,表明在特定条件下,股票市场和信贷市场在促进自主创新能力提升方面的影响确实存在“差异效应”。(三)在自主创新能力相对较弱的国家(地区),金融发展对其自主创新能力的提升的促进作用显著更大,表明金融体系的健全和完善一定程度上可以弥补自主创新知识积累和技术储备方面的不足,二者之间在促进国家(地区)自主创新能力提升方面存在一种“替代效应”。(四)路径分析的结果同时表明,国家(地区)自主创新能力的提高确实有助于扩大该国(地区)未来金融发展的总量和金融结构的变化,说明国家(地区)自主创新能力的提高能够反过来影响金融结构,但这种影响不是即期的,而会存在一定的“滞后效应”。(五)各国家(地区)在发展过程中确实存在自主创新能力方面的“马太效应”,即:自主创新能力较强的国家(地区),在其他条件不变的情况下,其将来的自主创新能力也相应越强。此外,本文对全球主要经济体金融结构和自主创新能力的比较分析显示,并不存在一个适用于所有国家的最优金融结构,表明MM理论不仅适用于企业资本结构的微观层面,也适用于国家(地区)金融结构的宏观层面。同时,全球主要经济体的自主创新能力呈现出显著的收入差异效应、较大的地区间差异效应和一定的地区内协同效应;总体上创新高投入意味着创新高产出,但在低收入国家,创新高投入和高产出之间的相关关系并不显著。综上,本文的研究结果表明,金融结构与自主创新能力之间存在显著的相互影响,从而将供给侧结构性改革中的资本和创新两大要素之间的联系建立起来,具有重要的理论贡献和实践启示:(1)从微观经济学的视角为金融结构如何影响自主创新能力的形成提供了新的解释,为后续的相关学术研究丰富了微观理论基础;(2)实证研究样本覆盖范围相对更广、时间跨度相对较长,且系统性地采用了面板数据回归分析、路径分析、混合回归分析、面板向量自回归分析等诸多方法,保证了实证研究结论的稳健性,对现有相关实证研究进行了有效的补充完善;(3)资本和创新两个因素之间存在显著的相互影响,启发我们在当前劳动力和土地供给要素增量有限的情况下,应着力在资本和创新两大要素方面采取措施,并发挥两者之间相互作用的杠杆效应,加速推进我国的供给侧结构性改革取得实效和自主创新能力加快提升;(4)股票市场和信贷市场的发展在促进自主创新能力提升方面同等重要,二者不可偏废;(5)在深化我国金融体制改革和完善金融体系时一定要从我国经济社会发展的实际情况出发,不能生搬硬套国外的“熔断机制”等“先进”经验;(6)在推进“大众创业、万众创新”时,并不仅是一味地加大投入,而是要同步力求创新单位投入的更高效益。最后,本文从我国如何在供给侧深化金融体制改革推动我国自主创新能力提升的角度,研究提出了实施定向于金融支持自主创新领域的减税政策、根据银行向自主创新企业发放信贷额度实施有差异化的存款准备金率和再贷款政策等政策建议,以期为我国加快推进供给侧结构性改革和“大众创业、万众创新”战略决策落地提供决策参考和借鉴。