对基因芯片中筛选与骨肉瘤相关长链非编码RNA的初步验证

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目的骨肉瘤是一种恶性程度极高的恶性肿瘤,预后是很差的,骨肉瘤发展迅速,如果未经正规的处理,一年内就会发生肺肿瘤转移,导致患者生存率很低,截肢后3-5年存活率仅为5-15%。同其他恶性肿瘤一样,骨肉瘤严重影响着人们健康。但是骨肉瘤的特点与其他肿瘤不同,骨肉瘤特别好发于一类人群,那就是青少年群体。近年来越来越多的长链非编码RNA (lncRNAs)被发现,这些lncRNA被发现与很多疾病的发生发展有着密切的关系,包括肿瘤。在这篇论文中,我们首先分析lncRNAs的结构、功能、机制,然后通过基因芯片的结果结合文献找出最有研究价值的1ncRNAs,接着应用real time PCR技术验证基因芯片的结果,最后我们分析结果,找出lncRNAs在骨肉瘤治疗中的潜在性的作用以及对预后预测的分子靶点。方法本研究采用本科室已有的上海康成生物芯片公司基于8例骨肉瘤标本的芯片结果,初步获得了骨肉瘤异常表达的基因,结合文献进一步分析在骨肉瘤发生发展中可能起着重要作用的基因,从而筛选出11个表达上调的LncRNA,12个表达下调的LncRNA,进一步利用分子生物学实验real-time PCR验证筛选出骨肉瘤中异常表达的LncRNA.结果1以骨肉瘤基因芯片结果为基础,在骨肉瘤组织中获得了251个异常表达的基因,其中表达上调的有68个,表达下调的有183个2结合文献分析,找出23个具有研究价值的LncRNA,其中表达上调的有11个,表达下调的有12个,它们分别为:ASLNC21868、 ASLNC23518、ASLNC24291、 ASLNC23844、 exon4713、 AW606502、 ASLNC21888、DQ786309、BQ183547、 BU617029、 D20368. ASLNC17568、BF995651、 AK026910、 ASLNC18376、 AK131233、 BX649136、ASLNC03769、 ASLNC13744、 ASLNC19675、 ASLNC01877、 ASLNC11197、 ASLNC21134、 BM7206003通过实时荧光定量PCR (real-time quantitative PCR)技术对ASLNC01877这个基因在骨肉瘤组织中的表达进行检测,发现ASLNC01877这个基因在骨肉瘤中的表达确实比在癌旁组织中低,这与基因芯片的方向一致。结论1利用基因芯片发现骨肉瘤组织中确实存在大量表达上调或者下调的lncRNA2利用real-time PCR技术对其中的一个LncRNA进行验证,该结果与基因芯片结果具有同方向性。为进一步研究骨肉瘤提供了线索。
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