细胞内蛋白质丰度动态的变化对生命过程有重要影响。精确的对生物体蛋白质进行定量研究，对于探索以及发现疾病标志物是非常重要的。定量蛋白质组学研究的最终目的是对某体系不同状态下的所有复杂蛋白进行鉴定和定量，这一方向是当前生物科学领域研究的重要内容。　　目前，研究定量蛋白质组学的方法主要分两类:一类是无标记定量方法，主要是通过比较质谱峰的强度和质谱分析的次数，从而实现分析不同来源的蛋白样品的量的变化。在本课题中，我们利用Skyline结合Diffprot软件对Waters公司的Q-TOF仪器的MSE数据进行进一步的蛋白质组定量分析。通过数据分析证明，与商用软件和手动分析方法相比，Skyline软件的计算结果更加可靠省时，这使得蛋白质通过MSE方法进行无标定量的研究变的更加快速方便;另一类定量蛋白质组学研究方法是基于标记技术的定量方法，是用针对某一类蛋白所具有的特异性化学探针标记目的肽段或蛋白，从而实现对表达蛋白质差异性以及修饰蛋白的差异进行精确的定量和进一步的分析。在本文中我们利用双甲基标记的技术对HDAC6基因敲除的小鼠细胞和正常小鼠细胞中的乙酰化蛋白进行定量比较，该研究工作不仅展示了基于双甲基同位素标记的质谱定量方法在蛋白质组学研究中的应用价值，更为挖掘HDAC6参与的多条信号通路中可能的新药物靶点提供了探索的方向。