家蚕Bm1、BmSE转座子对基因表达调控的研究

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反转录转座子作为基因表达的调控元件,对生物体基因组的进化有着非.常重要的作用。而在家蚕中,Bm1和BmSE转座子是最主要的两类短散列转座子(Short interspersed Nuclear Elements,SINE)转座子,其对基因表达的调控模式及其分子机制仍然不清楚。本文以绿.色荧光蛋白(Enhan.ced Green Fluores.cent Protein,EG.FP)基因为报告基因,考察和验证了Bm1和BmSE转座子对临近基因的调控模式,同时探究了转座子调控基因表达的分子机制。主要结果如下:  ①Bm1和BmSE转座子对临近基因的表达具有相同的调控模式:在基因上游的插入会导致基因表达的沉默,在基因下游的插入则不会沉默或者抑制基因的表达。而同时,这种调控模式具有跨细胞类型通用的性质,不仅在家蚕BmN细胞中发挥作用,在家蚕BmE细胞中也有同样的调控效应,说明这种调控机制是保守性的。  ②Bm1和BmSE转座子沉默基因的表达需要满足三个条件。1)位置特异性:Bm1和BmSE转座子仅在插入到EGFP基因上游时,才具有抑制作用;2)序列完整性:只有Bm1和BmSE转座子具有完整的序列,才能够保证抑制调控,任何破坏序列完整的处理,如截短、碱基突变都会解除沉默效应;3)方向正向性:Bm1和BmSE转座子的沉默效应要求两类转座子正向的插入。  ③Bm1和BmSE转座子沉默基因的表达并不是在转录水平上发挥作用的,转座子启动子化、转录起始位点前移均未发生,同时转座子的二级结构改变也并不是影响基因表达的主要原因。  ④通过生物信息学分析,我们得到了Bm1转座子和BmSE转座子在家蚕基因组中的分布,5’ UTR区域具有Bm1转座子和BmSE转座子正向插入的预测基因分别有125个和58个。  ⑤同时根据8个家蚕和7个野桑蚕基因组重测序数据分析了Bm1和BmSE转座子分别在家野蚕基因组中相应位点的插入频率,插入频率有明显差异的位点共有51个,为理解家蚕驯化过程中转座子的可能作用提供了有用信息。  综上,家蚕Bm1和BmSE转座子在基因邻近区域的插入对基因表达具有相同的调控模式,当且仅当两类转座子完整正向的插入基因5’UTR区域才具有沉默作用,而这种沉默效应很有可能发生在转录后水平。除此以外,还筛选了Bm1和BmSE转座子在家野蚕基因组中转座子插入频率有显著差异的相关基因。这些结果有助于理解转座子在基因表达调控网络和家蚕驯化过程中的可能作用。
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